【LAMMPS学习】四、运行 LAMMPS(1)基础知识

4. 运行 LAMMPS

本部分解释了在安装可执行文件或下载源代码并构建可执行文件后如何运行 LAMMPS。命令文档页面描述了输入脚本的结构以及它们可以包含的命令。

4.1.运行 LAMMPS 的基础知识

LAMMPS 从命令行运行，通过 -in 命令行标志或从标准输入从文件读取命令。建议使用“-in in.file”变体（参见下面的注释）。 LAMMPS 可执行文件的名称为 lmp 或 lmp_<machine> ，其中 是编译 LAMMPS 时使用的机器字符串。当使用传统构建系统（例如使用 make mpi ）编译 LAMMPS 时，这是必需的，但在使用 CMake 配置和构建 LAMMPS 时是可选的：

lmp_serial -in in.file
lmp_serial < in.file
lmp -in in.file
lmp < in.file
/path/to/lammps/src/lmp_serial -i in.file
mpirun -np 4 lmp_mpi -in in.file
mpiexec -np 4 lmp -in in.file
mpirun -np 8 /path/to/lammps/src/lmp_mpi -in in.file
mpiexec -n 6 /usr/local/bin/lmp -in in.file

您通常在输入脚本所在的目录中运行 LAMMPS 命令。这也是默认生成输出文件的位置，除非您在输入脚本或命令行中提供特定的其他路径。正如上面的一些示例一样，LAMMPS 可执行文件本身可以放置在其他地方。

注：当与 mpirun 或 mpiexec 并行运行时，重定向运算符“<”并不总是有效；对于这些系统，需要 -in 形式。

当 LAMMPS 运行时，它会将信息打印到屏幕上并生成一个名为 log.lammps 的日志文件。有关输出的更多信息在屏幕和日志文件输出页面上给出。

如果 LAMMPS 在输入脚本中或运行模拟时遇到错误，它将打印一条错误消息并停止，或者打印一条警告消息并继续。请参阅常见问题页面，了解 LAMMPS 可以或无法检测到的各种错误的讨论、所有错误和警告消息的列表以及如何处理它们。

LAMMPS 可以在任意数量的处理器（包括单个处理器）上运行相同的问题。理论上，您应该在任意数量的处理器和任意机器上得到相同的答案。在实践中，由于使用浮点数学而导致的数值舍入可能会导致分子动力学轨迹的细微差异和最终发散。有关此问题的讨论，请参阅错误公共页面。

LAMMPS 可以运行一个或多个处理器的物理内存所能容纳的最大问题。如果内存不足，则必须在更多处理器上运行或定义更小的问题。所需的内存量以及内存在处理器之间的分布情况可能会根据所使用的型号、设置和命令而有所不同。

如果您通过 mpirun 并行运行 LAMMPS，您应该了解处理器命令（它控制 MPI 任务如何映射到模拟盒），以及 mpirun 选项（控制 MPI 任务如何分配到节点的物理核心） ）您正在运行的机器。这些设置可以提高性能，尽管默认值通常就足够了。

例如，将 MPI 任务（进程）绑定到物理核心（处理器关联）通常很重要，以便操作系统在模拟期间不会迁移它们。如果这不是您计算机上的默认行为，则可以使用 mpirun 选项“-bind-to core”(OpenMPI) 或“-bind-to core”(MPICH)。
如果您使用的 LAMMPS 命令支持多线程，则可以在启动 LAMMPS 之前通过环境变量 OMP_NUM_THREADS 设置每个 MPI 任务的线程数：

export OMP_NUM_THREADS=2     # bash
setenv OMP_NUM_THREADS 2     # csh or tcsh

这也可以通过 package 命令或通过调用 package 命令的 -pk 命令行开关来完成。有关哪些加速器包和哪些命令支持多线程的更多详细信息，请参阅包命令或 Speed 文档页面。

您可以使用示例或工作台目录中提供的任何输入脚本来尝试运行 LAMMPS。输入脚本命名为 in.*，示例输出命名为 log.*.P，其中 P 是运行该脚本的处理器数量。

一些示例或基准测试需要使用可选包构建 LAMMPS。

4.2.命令行选项

4.3.屏幕和日志文件输出

4.4.在 Windows 上运行 LAMMPS