【LAMMPS学习】九、LAMMPS脚本 示例

9. 示例脚本

LAMMPS 发行版包含一个包含许多示例问题的示例子目录。许多是二维模型，运行速度快且易于可视化，在台式机上运行最多需要几分钟。每个问题都有一个输入脚本 (in.*)，并在运行时生成一个日志文件 (log.*)。有些使用初始坐标的数据文件（data.*）作为附加输入。目录中包含一些在不同计算机上运行的示例日志文件，并且目录中包含不同数量的处理器，以比较您的答案。例如。像 log.date.crack.foo.P 这样的日志文件意味着“crack”示例在该日期机器“foo”的 P 处理器上运行（即使用该版本的 LAMMPS）。

许多输入文件都有用于创建转储文件和图像文件的注释行。

如果取消注释输入脚本中的dump命令，将生成一个文本转储文件，该文件可以通过各种可视化程序进行动画处理。

如果您在输入脚本中取消注释 dump image 命令，并假设您已经使用 JPG 库构建了 LAMMPS，则在模拟运行时将生成 JPG 快照图像。使用 dump image 文档页面上描述的命令可以将它们快速后处理成电影。

许多示例的动画可以在 LAMMPS website的电影部分查看。

示例文件夹中有两种子目录。小写命名目录包含一个或几个简单、快速运行的问题。大写命名目录最多包含几个复杂的脚本，用于说明特定类型的模拟方法或模型。其中一些运行时间较长，例如来测量特定的数量。

下面给出了两种目录的列表。

9.1.小写目录 

accelerate	使用各种加速选项运行（OpenMP、GPU、Phi）
airebo	具有 AIREBO势聚乙烯
atm	Axilrod-Teller-Muto potential example Axilrod-Teller-Muto 势示例
balance	动态负载平衡，二维系统
body	体粒子，2d 系统
bpm	浇注弹性颗粒和板冲击的 BPM 模拟
cmap	CMAP 5 体对 CHARMM 力场的贡献
colloid	小颗粒溶剂中的大胶体颗粒，二维系统
comb	使用 COMB 势的模型
controller	使用固定控制器作为恒温器
coreshell	使用 CORESHELL 包的核/壳模型
crack	二维固体中的裂纹扩展
deposit	在表面上沉积原子和分子
dipole	点偶极粒子，二维系统
dreiding	甲醇，通过 Dreiding FF
eim	使用 EIM 势的 NaCl
ellipse	球形溶剂中的椭圆体颗粒，二维系统
flow	二维通道中的 Couette 和 Poiseuille 流
friction	二维表面之间球形粗糙体的摩擦接触
mc	通过修复 gcmc、widom 和其他命令的蒙特卡洛功能
granregion	使用固定壁/区域/颗粒作为粒状颗粒的边界
hugoniostat	Hugoniostat冲击动力学
hyper	Pt 表面扩散的全局和局部超动力学
indent	将球形压头压入二维实体
kim	使用 OpenKIM 存储库中的势
mdi	MDI包和MolSSI MDI代码耦合库的使用
meam	SiC 和剪切的 MEAM 测试（与剪切示例相同）
melt	3d LJ系统快速熔化
micelle	小类脂质分子自组装成二维双层
min	二维 LJ 熔体能量最小化
msst	MSST冲击动力学
multi	具有较大交互差异的系统的多邻域
nb3b	使用非键三体谐波对样式
neb	用于寻找障碍的微移弹性带 (NEB) 计算
nemd	二维剪切系统的非平衡MD
obstacle	围绕二维通道中的两个空隙流动
peptide	小溶剂化肽链（5 聚体）的动力学
peri	压头冲击圆柱体近场动力学模型
pour	将粒状颗粒倒入 3d 盒子中，然后流槽流动
prd	体硅中空位扩散的并行复制动力学
python	在 LAMMPS 输入脚本中使用嵌入式 Python
qeq	使用 QEQ 包进行电荷平衡
rdf-adf	计算水的径向和角度分布函数
reax	使用 ReaxFF 的 RDX 和 TATB 模型
rerun	使用 rerun 和 read_dump 命令
rigid	刚体建模为独立或耦合
shear	应用于二维实体（有或没有空隙）的侧向剪切
snap	使用 SNAP 电势的 BCC 钽晶体的 NVE 动力学
srd	作为溶剂的随机旋转动力学 (SRD) 颗粒
streitz	使用 Streitz/Mintmire 电势进行电荷平衡
tad	体硅中空位扩散的温度加速动力学
threebody	各种多体势的回归测试输入
tracker	追踪 LJ 熔体中的相互作用
vashishta	利用 Vashishta 势
voronoi	通过计算 voronoi/atom 命令进行 Voronoi 曲面细分

以下是运行和可视化示例问题之一的方法：

cd indent
cp ../../src/lmp_linux .           # copy LAMMPS executable to this dir
lmp_linux -in in.indent            # run the problem

运行模拟会生成文件 dump.indent 和 log.lammps。您可以使用 LAMMPS 网站的可视化页面上突出显示的各种第三方工具来可视化快照的转储文件。

如果您在输入脚本中取消注释转储图像行，运行时将生成一系列 JPG 图像（假设您构建了支持 JPG 的 LAMMPS；有关详细信息，请参阅 Build_settings 页面）。这些可以单独观看，也可以通过 ImageMagick 或 QuickTime 等工具或各种基于 Windows 的工具将其转换为电影或动画。有关更多详细信息，请参阅转储图像页面。例如。此 Imagemagick 命令将创建适合在浏览器中查看的 GIF 文件。

9.2.大写目录 

ASPHERE	各种非球面粒子模型，使用椭球体、刚体、线/三角形粒子等
COUPLE	如何使用 LAMMPS 作为库的示例
DIFFUSE	通过多种方法计算扩散系数
ELASTIC	计算零温度下的弹性常数
ELASTIC_T	计算有限温度下的弹性常数
HEAT	通过 Fix ehex 计算 LJ 和水的热导率
KAPPA	通过多种方法计算热导率
MC-LOOP	在蒙特卡罗模式下使用 LAMMPS 来弛豫输入脚本循环中系统的能量
PACKAGES	特定包和贡献命令的示例
SPIN	SPIN 包的功能示例
UNITS	以 lj、真实、金属单位运行相同模拟的示例
VISCOSITY	通过多种方法计算粘度

几乎所有这些目录都有自述文件，其中提供了有关如何理解和使用其内容的更多详细信息。

PACKAGES 目录有大量子目录，它们的名称与特定的包相对应。它们包含说明如何使用这些包中提供的命令的脚本。许多子目录都有自己的自述文件，其中提供了进一步的说明。有关特定包的更多信息，请参阅  Packages_details文档页面。