使用VMD中的Tachyon渲染出透明逼真的水盒子效果

1.概述

在本教程中将重点向你展示如何通过VMD中的Tachyon制作一个高质量的可视化图像。本文假设你对vmd有一定了解(最基本的打开载入分子即可)。关于vmd制作图像的快速入门中文教程,本例所使用的工具和示例文件请见文末

2.工具链

2.1.Tychyon

Tachyon是为了利用多个计算机核心的优势而编写的光线追踪程序,其运行速度非常快,可以利用多个CPU核心的优势,快速生成高质量的图像,一般来说,光线追踪渲染器使用逼真的照明模型,可以正确地模拟阴影,这种照明与传统的点光源照明和定向照明配合使用,增加了分子结构图像的形状和深度的感觉,并减少了基于少量点光源的照明所产生的刺眼阴影的不利影响。此外这种照明模式特别善于模仿白垩质材料的外观,可以使分子图形更容易理解和具有美感。Tachyon现在已经内置在VMD中,版本在1.9后的无需安装,属于VMD中提供的高级渲染功能之一。

在这里插入图片描述
Figure 1:为使用Tychyon渲染的各种生物体系图

在这里插入图片描述
Figure 2:为使用Tychyon渲染的各种期刊封面和材料体系图

2.2.MSMS

MSMS 是用 C 编程语言编写的用于计算分子表面的程序。同QuickSurf类似,相较于“Surf”,它的绘制速度更快,而且输出结果与“Surf”非常相似。

不同于“QuickSurf” 和 “Surf”内置在VMD中,直接点击就能使用。MSMS需要额外下载到了VMD安装目录中,这里准备了三种常见操作系统下(mac,win,linux)的二进制程序文件(见文末),其中win32适用与32与64位操作系统。如下:
在这里插入图片描述
Figure 3:

安装方法:

  • 按需解压以上压缩包
  • 把二进制程序文件放到vmd安装目录即可,以win系统为例:

在这里插入图片描述Figure 4:

3.例子:水中的DNA和蛋白质

本教程包含了水盒子中DNA和蛋白质的结构(ssbFigure.psf)和坐标(ssbFigure.pdb)文件,以该体系的原子为例载入vmd使用Tychyon等插件进行可视化渲染。你也可以使用自己体系模型只要是VMD支持可视化的文件即可。开始可视化渲染前,请开启“GLSL”渲染模块。

在这里插入图片描述
Figure 5:

此外,如果显卡比较老或者驱动有兼容性问题,没法在vmd main 窗口开启Display–>Rendermode—>GLSL的话,很多VMD里的效果都没法正确显示,比如最基本的透明效果,而使用Tachyon渲染输出后则所有效果都可以正确表现出来。

3.1 第一步:创建分子图形表现方法

3.1.1.创建不同的分子/原子选区

从VMD Main窗口图形菜单中打开图形表现窗口(Graphics->Representations)。所使用的每一个表现方法都是从你系统中存在的分子/原子组分的选择开始的。

创建不同分子/原子选区示例如下:

更多选择语法见vmd教程

#以下为不同的四个选区:
1.“protein”              #表示蛋白质这个组分
*创建你的原子显示方法:*
2. “nucleic”              #表示核酸这个组分(该体系中的DNA)
3. “same residue as water and {within 4 of protein} and {within 4 of nucleic}”  #蛋白质和核酸组分周围4埃的水分子
4. “ion and x*x+y*y+z*z < 35*35”    #下图圆锥范围内的离子

在这里插入图片描述
Figure 6:

本例子中选择以下三种选区用于展示:

protein              #表示蛋白质这个组分
nucleic              #表示核酸这个组分(该体系中的DNA)
water and noh        #表示水中的氧原子

在这里插入图片描述
Figure 7:

3.1.2.选择绘制方法

一个绘制方法与你创建的每个选区相关联,这些方法可以从根本上影响一个选区的外观。从 "Draw style "按钮下的 "Drawing Method "下拉菜单中为一个选区选择表现方法。由于Tachyon真实地处理了阴影,有裂纹和缝隙的表示法看起来有三维深度,因此 “vdW”、"Surf " 和 "MSMS "等绘制方法都是不错的选择(见图8)。

如今1.9版本的早已经支持“QuickSurf”,推荐 使用"MSMS "和QuickSurf表示法而不是 “Surf”,因为它的绘制速度更快,而且输出结果非常相似。其他经常使用的表示方法包括:“NewCartoon”,它强调了蛋白质的二级结构;“Licorice”ÿ

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