分子对接--软件安装

分子对接相关软件安装

一、 AutoDock安装

1、软件

1）. AutoDock，下载链接: link
2）. MGLtools，下载链接: link
自行选择合适版本下载，这里主要叙述在win上的具体安装流程：
下载得到：

2、运行

运行autodocksuite-4.2.6.i86Windows得到：

运行mgltools_win32_1.5.7_Setup得到：

3、新建默认目录

新建一个文件夹作为autodock的默认目录，把刚才安装的MGLtools目录下的adt文件和autodock4 和 autogrid4文件复制粘贴在新目录下，后续进行分子对接也需要将pdb文件放到该目录里进行：

4、安装成功

安装结束，桌面显示四个图标：

双击AutoDock即可打开软件，界面如图所示，点击File→Preferences→Set，在弹出窗口的Startup Directory中修改刚才新建的目录为默认文件：

出现报错：

> {'gui': None, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVSelectCommand instance at 0x08DF32B0>, 'name': 'select'}
{'gui': None, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVDeSelectCommand instance at 0x08DF3620>, 'name': 'deselect'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DE7F30>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVClearSelection instance at 0x08DF3760>, 'name': 'clearSelection'}
{'gui': None, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVExpandSelection instance at 0x08DF38A0>, 'name': 'expandSelection'}
{'gui': None, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVSelectAround instance at 0x08DF3990>, 'name': 'selectAround'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DE7F80>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVSaveSetCommand instance at 0x08DF3AA8>, 'name': 'saveSet'}
{'gui': None, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVCreateSetIfNeeded instance at 0x08DF3B98>, 'name': 'createSetIfNeeded'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DF31E8>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVInvertSelection instance at 0x08DF3CB0>, 'name': 'invertSelection'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DF3058>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVSelectSetCommand instance at 0x08DF3DF0>, 'name': 'selectSet'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DF30A8>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVSelectFromStringCommand instance at 0x08DF3EE0>, 'name': 'selectFromString'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DF30F8>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVDirectSelectCommand instance at 0x08DFD0D0>, 'name': 'directSelect'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DF3148>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.MVSelectSphericalRegion instance at 0x08DFD210>, 'name': 'selectInSphere'}
{'gui': <ViewerFramework.VFCommand.CommandGUI instance at 0x08DF3260>, 'cmd': <Pmv.selectionCommands.SelectNoWaterHeteroAtomsCommand instance at 0x08DFD300>, 'name': 'selectHeteroAtoms'}
Traceback (most recent call last):
  File "D:\protein_tools\Mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\__init__.py", line 483, in runADT
    os.chdir(mv._cwd)
WindowsError: [Error 5] : 'C:\\Users\\Administrator'
hit enter to continue

从报错信息来看，AutoDockTools（ADT）在启动时试图切换到 C:\Users\Administrator 目录，但因权限问题或目录不存在导致了 WindowsError: [Error 5]；
解决方法：
将默认工作目录切换到另一个路径，可以在 AutoDockTools 的启动脚本中设置，打开D:\protein_tools\Mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools__ init__.py，自定义mv._cwd为希望的路径：

mv._cwd = r"C:\Users\xxx"

保存，退出，重启，报错解决。

二、Openbabel安装

openbabel主要应用于分子对接中分子各种格式的转换，它的安装比较简单，下载安装包: openbabel，之后正常安装打开即可；
使用教程: openbabel_GUI

三、Pymol安装

pymol是由Schrödinger开发，是商业软件，但可以申请教育版使用，功能相对限制，对需要高级功能的可以下载开源代码，自行编译安装；

1、教育版安装

去官网下载安装包: pymol，申请教育版license，直接安装即可；

2、编译安装

有两个比较好的安装教程大家可以查看：
Wiki安装指导
纽普生物的具体教程: 免费开源版(非Edu版)PyMOL安装教程，，里面还有python版本和系统对应的pymol包可以下载；

编译安装相对麻烦，我们逐步叙述如何在Win11编译安装pymol的whl，这里尽量写的详细一样：
首先下载安装包: pymol，这里需要下载的是whl，需要按照自己电脑的配置和python版本来下载合适的whl；
如果电脑没有python: 那么需要先安装，下载安装包: python，逐步安装，记录安装位置，安装完成后需要去修改环境变量：
Win11直接搜索编辑系统环境变量，

点击环境变量，

点击Path，

点击新建，写入之前python的安装路径后确定保存；
在cmd输入python查看是否安装成功：

>python
Python 2.7.11 (v2.7.11:6d1b6a68f775, Dec  5 2015, 20:32:19) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

Window系统的pymol运行还需要PMW模块，安装：

> python -m pip install pmw

安装pymol：

>python -m pip install D:\pymol\pymol-3.1.0a0-cp313-cp313-win_amd64.whl

这里需要注意python版本与pymol版本要一致才能安装，但我的python一直在2.7，修改环境变量也改不过来，windows编程容易有错误也找不到原因，所以我用python3安装就需要指定路径进行：

>C:\Users\xxx\AppData\Local\Programs\Python\Python313\python.exe -m pip install pmw
>C:\Users\xxx\AppData\Local\Programs\Python\Python313\python.exe -m pip install pymol-3.1.0a0-cp313-cp313-win_amd64.whl

安装完毕，在python的安装路径** “C:\Users\xxx\AppData\Local\Programs\Python\Python313\Scripts”**中，会有pymol的启动文件，对其创建快捷方式到桌面。

这样安装就结束了，但autodock的图形界面操作不友好，可以安装pyqt5库来生成更好的GUI，

>python.exe -m pip install pyqt5

但是报错显示还需要安装Microsoft Visual C++ Redistributable packages for Visual Studio 2022，可以在Microsoft 官方网站下载，安装，我安装了但报错还是缺少 Visual Studio，暂时没有找到原因，所以到这里就结束了。

3、conda安装

相对容易，但是需要先在windows安装conda，具体教程可参考: Install Open Source PyMOL in Windows 11 (Outdated)；

> conda install -c conda-forge pymol-open-source

pymol在linux安装十分方便，之后直接编写脚本处理目标就好了，但为了方便使用GUI，我们在windows安装，可能会遇到许多问题，耐心处理就好。

四、Vina安装

AutoDock可以进行细致的分子对接，但有时我们需要进行大批量对接，这时使用Vina就比较快速方便；

1、安装vina

Vina我们在Linux环境中安装:

> conda install -c conda-forge vina

这里有一个vina做分子对接例子可以学习参考: AutoDock Vina 1.2.2使用教程(2)——柔性Docking篇

2、安装ADFR/meeko

ADFR全称是AutoDockFR，是Sanner课题组基于AutoDock程序下开发的一个蛋白-配体对接程序，也是使用Vina必备的工具。除了支持AutoDock4和AutoDock Vina的对接模式以外，ADFR还可以进行共价对接以及柔性对接。
注意ADFR 使用的版本是python2.7的，
这就与其他包要求的环境冲突，需要单独建一个2.7的环境，新建环境的话可能提示需要安装rdkit和scipy:

> conda install -c conda-forge rdkit
> conda install scipy

我觉得不方便，所以安装了meeko来代替ADFR；

> pip install meeko

• AutoDock Vina主要功能：

• 多配体对接 (Simultaneous Multiple Ligand Docking)
• 水合对接 (Hydrated Docking)
• AutoDock4_Zn：是基于AD4的一种模拟锌离子配体的专用力场
• 大环构象采样 (Macrocycle Conformational Sampling)
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