薛定谔Maestro-分子对接另一个软件

可以网上下载翻版的，但是发文章或者什么使用最好的单位已经购买的，很多软件都有这样的问题，需要了解一下是不是开源的

这个太久没有用都有点忘记了，需要翻开笔记一点点对一下然后开始记录

纸质的笔记除了实验步骤其他的都不是很方便呀，不够形象，没有图片观看怎么点击

我就是傻瓜式的电脑操作

这个的安装还是比较麻烦的，我们有的组买了的，是买了的老师的学生给的安装包，可以安装和使用的，但是就是薛定谔真的好大，而且一定不要删除安装包，它的卸载需要通过安装的删除插件才可以，之前删了，然后又找回来了

选中的就是它的界面了，双击，反应有点慢，不是卡了，因为太大了，要等等，而且我的电脑配置也不行

然后进来了的界面是这样的

新建一个工作文件

然后这里其实就可以选择工作站了

在下面这个位置，选择外我们已经建好的位置

把后面需要使用的模块先收藏加进去，就是选择了之后会在上面一排的显示

首先也是蛋白质的准备，选择模块如下

左手边这个位置，有蛋白的所有详细信息，可以查看和选择

进行蛋白质的预处理，点击process，看一下结构存在哪些问题：原子类型（Atom Types）、侧链丢失信息（Missing Atoms）、原子位置冲突信息（Overlapping Atoms）、原子坐标改变（Alternate Positions）（有中文的路径也是不行的，文件打不开）

我的蛋白质问题

之后在这个地方看问题，然后进行操作

再从下面进行结构优化，这个过程比较慢，一般选择氢键分配优化

然后把处理好的蛋白导出保存好

选择好蛋白之后进行对接盒子是生成

也是分为两种，有配体和无配体，说实话我感觉有配体的操作简单一些

选择受体盒子生成模块，就是如下图

这一排就是可以进行选择操作的地方，一个个来

对了这个下面可以改名字改成自己需要的

对接位点的设置在如下位置

有三个可以选，原有配体，以及想要将哪些氨基酸在对接盒子内的残基选择，一最后个XYZ的就是不知道配体的位点选这个（预测的xyz的盒子大小自己定义）。

如果选择的是氨基酸残基，则可以添加氨基酸残基

后面三个看需要添加，一般就够了，如果有金属原子等需要选择。最后点击Run就可以了。就会得到一个文件

还得一步，选择设置的符号，要选择我们的工作站，文件才会保存到工作站里面，不然就是默认路径C盘

还有在左侧的工作站也要选对，不然是默认的

右上角也可以看进度，是不是完成了，完成后会得到一个盒子，在蛋白质上看得见，也可以找到储存的文件里面都有

在工作站中就会有对接盒子的数据

从外面的文件夹进去也可以看见

开始小分子的设置，首先也是小分子的导入，可以多种格式，sdf，cdx，pdb等，可以同时选择多个小分子导入，我猜测可以直接导入文件，没有试过

我就先导入了10个

下面进行配体的准备，选择配体准备模块，如下

可以选择要处理哪些结构，如workspace就是当前的一个，如果是project tale就是多个

其他的选择如下，一般不怎么改变，比如generate possible这个选择EPIK会准确一点，然后如果导入的 结构已经是3D的结构，最后面就要选第二个3D选项

点击run就可以运行

在工作站得到一个文件

上述都结束以后，到对接这一步啦，选择分子对接的模块，如下

然后就是选择盒子的文件和配体的文件

之后开始对接参数的处理，这一栏里面操作

选择xp的描述符，已经Epik的对接

设置好之后开始进行run运行

就可以在右上角监控那个位置进行监测，得到的结果在工作站中，这个还是比较慢的

结果查看在这这里，TABLE里面进去

一直拉到后面可以看到对接分数