Schrödinger中Ligprep小分子三维结构生成详解

Schrödinger中Ligprep小分子三维结构生成详解

1. Ligprep简介

LigPrep可以生成准确的、能量最小化的三维分子结构。LigPrep还应用复杂的规则来纠正Lewis结构，消除配体的错误，以减少下游的计算错误。

2. Ligprep详解（中文）

2.1 Usage

Usage:
ligprep [options] (-ismi|-icsv|-imae|-isd) infile (-osd|-omae) outfile

ligprep支持smiles、 csv 、mae、 sdf等格式的输入，其中csv为保存为csv格式的smiles。并支持 mae、 sdf格式的输出。如果有转换其他格式的需求，可以使用shchrodinger中的很多convert小工具，类似jagconvert 、 mol2convert 、 pdbconvert 、 project_convert refconvert 、 sdconvert、 seqconvert 、structconvert等。

General:
-h, -help 输出帮助信息（虽然不常看，但很有用）。
-long_help 输出更详尽的帮助信息 （估计很少用） 。
-inp filename 从提供的输入文件中读取参数。
-sif_docs 列出支持SIF文件格式的关键词。

例1：将smiles格式的输入文件，生成相关质子化状态的三维结构，将结果保存为Maestro格式。

ligprep -ismi input.smi -omae output.mae -epik

例2：通过参数文件提交ligprep作业

ligprep ligprep.in

参数文件ligprep.in，定义了输入输出文件，小分子的力场、质子化、手性和生成的空间里构象数。

INPUT_FILE_NAME ligprep_A1.maegz
OUT_SD ligprep_A1-out.sdf
FORCE_FIELD 16
PH_THRESHOLD 0.0
EPIK yes
DETERMINE_CHIRALITIES no
IGNORE_CHIRALITIES no
NUM_STEREOISOMERS 1

2.2 Ionization（离子化）

Ionization:
-epik 使用epik进行电离和互变异构（推荐）。
-emb, -epik_metal_binding 使用metal_binding选项运行epik，这样也会生成适合与蛋白质结合口袋中的金属离子相互作用的状态。
-i {0,1,2} 电离处理。0表示离子化，1表示中和，2表示中和并离子化，默认为1。注意：-epik选项优先于-i，总是进行电离和互变异构。
-ph number 有效的或目标pH值。
-pht number pH值，生成结构的最能耐受的pH。

2.3 Stereoisomers （立体异构体）

Stereoisomers:
-ac 不遵循现有的手性属性和输入文件中结构的手性，为所有手性中心生成立体异构体，数量不超过用-s选项指定的数目。默认只生成有明确指出的手性结构。
-g 在生成立体异构体时，根据输入文件的手性。
-s 每个输入结构最多生成的立体异构体数目，默认为32。

2.4 Force-field based geometry optimization

Force-field based geometry optimization:
-bff {14,16} 小分子结构优化的力场，默认为14（OPLS_2005），16为OPLS3e力场。尽量用新的力场，一般来讲，越新的力场越准确。

2.5 Standard and job control options（标准化和作业提交选项）

Standard and job control options:
-NJOBS 将整个作业划分为NJOBS次作业。
-NSTRUCTS NSTRUCTS 将整个作业分成不超过NSTRUCTS结构的子作业。
-HOST hostname 在指定的主机上远程运行作业。
-WAIT 在工作完成之前不要返回提示信息。
-LOCAL 不要使用临时目录，而是将文件保留在当前目录中。

2.6 Typical usage （典型应用）

Typical usage:
对质子化状态和立体异构体进行采样，使用OPLS力场优化几何形状，并以Maestro格式存储结果:
ligprep input -omae outfile.maegz -epik
可支持的输入文件：
-ismi infile.smi
-icsv infile.csv
-isd infile.sd
-imae infile.mae

3. ligprep参数（原版）

ligprep -h

Usage:
ligprep [options] (-ismi|-icsv|-imae|-isd) infile (-osd|-omae) outfile

General:
-h, -help Print brief help message.
-long_help Print exhaustive help message.
-inp filename Read arguments from the supplied input file.
-sif_docs List supported simplified input file format (SIF) keywords.

Ionization:
-epik Use Epik for ionization and tautomerization (Recommended, overrides -i).
-emb, -epik_metal_binding Run Epik with the metal_binding option so that states appropriate for interactions with metal ions in protein binding pockets are also generated.
-i {0,1,2} Ionization treatment: 0 - do not neutralize or ionize, 1 - neutralize only, 2 - neutralize and ionize (Default: 1). Note that -epik option overrides -i and always implies ionization and tautomerization.
-ph number Effective/target pH.
-pht number pH tolerance for generated structures.

Stereoisomers:
-ac Do not respect existing chirality properties and do not respect chiralities from the input geometry. Generate stereoisomers for all chiral centers up to the number permitted (specified using the -s option). This is equivalent to “Generate all combinations” in the Ligand Preparation user interface. Default behavior is to respect only explicitly indicated chiralities.
-g Respect chiralities from input geometry when generating stereoisomers.
-s # Generate up to this many (#) stereoisomers per input structure. (Default: 32).

Force-field based geometry optimization:
-bff {14,16} Force-field to be used for the final geometry optimization. Default: 14 (OPLS_2005). For OPLS3e specify 16.

Standard and job control options:
-NJOBS NJOBS Divide the overall job into NJOBS subjobs.
-NSTRUCTS NSTRUCTS Divide the overall job into subjobs with no more than NSTRUCTS structures.
-HOST hostname Run job remotely on the indicated host entry.
-WAIT Do not return a prompt until the job completes.
-LOCAL Do not use temporary directory for job files. Keep files in the current directory.

Typical usage:
Sample protonation states and stereoisomers, optimize geometry using OPLS force-field, and store results in Maestro format:
ligprep input -omae outfile.maegz -epik
Where input is one of:
-ismi infile.smi
-icsv infile.csv
-isd infile.sd
-imae infile.mae