薛定谔Maestro--LigPrep 准备配体

薛定谔Maestro–LigPrep 准备配体

2D结构没有H和低能量信息，需要生成低能量的结构，这里我们利用LigPrep 模块操作

加载模块

1. Use structures from 数据来源

2. Filter criteria file 结构过滤条件

3. Maximum ligand size：最大分子量大小，default：|500 |atoms

4. Force field：定义力场 default：0PLS4

5. Ionization：设置离子化状态

   • Do not change 不改变
   • Neutralize 中和
   • Generate possible states at target pH：7.0 |+/-|2.0 根据给定条件
     Using:
     - Ionizer 免费的模块
     - Epik default （需要额外License）（1）Add netal binding states 小分子和金属离子（2）Include original state 输入结构包含着输出结构中
   • Desalt 排除输入文件一些可能存在的其他离子，如：水分子、反粒子
   • Generate tautomers 生成互变异构体，最多8个，同烯醇互变异构，硫氮互变异构，组氨酸互变异构，DNA碱基互变异构

6. Stereoisomers 立体异构体部分

• Computation：
  • Retain specified chiralities（vary other chiral centers）输入文件结构手性信息不做改变
  • Determine chiralities from 3D structure 直接从3D结构中获得手性信息
  • Generate all combinations 生成所有的信息
• Generate at most：32 per ligand
• For SD V2000 input，generate enantiomers if the chiral flag is 0

7. Output format: 输出文件格式

   • Maestro
   • SDF

8. Job nane：运算名字 default :|ligprep 1| Run