RDKit分子的3D结构

RDKit|分子的3D结构

RDKit MCS代码的功能之一是在生成MCS时将原子坐标考虑在内，这一点可能不太为人所知。这里的想法是找到一组3D分子之间的MCS，其中考虑了潜在匹配原子之间的距离。

1、安装相应的包

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDistGeom
from rdkit.Chem import rdFMCS
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
IPythonConsole.ipython_3d = True
import rdkit
print(rdkit.__version__)

2022.03.3

2、读取小分子的SDF格式并可视化

ms = [x for x in Chem.ForwardSDMolSupplier('./molecule.sdf')]
ms2d = [Chem.Mol(x) for x in ms]
for m in ms2d:
    rdDepictor.Compute2DCoords(m)
IPythonConsole.drawOptions.addAtomIndices = False
Draw.MolsToGridImage(ms2d)

图1 分子可视化

3、可视化分子3D结构

import py3Dmol
viewer = py3Dmol.view(width=350, height=350)
IPythonConsole.addMolToView(ms[0],viewer)
viewer.zoomTo()
viewer.show()

图2 3D结构

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后台回复“molecule”就可以获取molecule.sdf文件下载链接