AlphaFold更新了！AlphaFold-latest

AlphaFold又有重大更新了！AlphaFold-latest来了！

🔈：号外号外！Google DeepMind联合Isomorphic Labs在2023年10月31日发布了新一代的AlphaFold（AlphaFold-latest）。

AlphaFold-latest显着提高了准确性和覆盖范围，主要包括了抗体结合结构预测、蛋白质-核酸复合物结构预测、小分子-蛋白结构预测和蛋白质残基的修饰结构预测等方面的重大更新，为加速生物医药研究开辟了全新的可能性。

但也仅此而已，目前还没有发布模型、论文或代码。

1. 预测抗体结合结构

AlphaFold-latest改进了AlphaFold 2.3版本（2022 年末的更新，已经是一个非常强大的基准！），用于蛋白质-蛋白质结构预测，特别是在结合抗体方面，相较于上一个版本优化更新了准确性。

2. 预测蛋白质-核酸复合物结构

“蛋白质-核酸”复合物是生命体中相当重要的系统，例如核糖体。对于“蛋白质-DNA”这样的体系，AlphaFold-latest优于RoseTTAFold预测模型。而对于“蛋白质-RNA”复合物的结构预测，差异似乎并不是很大。

3. 预测小分子蛋白复合物结构

（我最期待的一部分，简直不给我们做分子对接的留活路，/(ㄒoㄒ)/~~）不过看起来又要颠覆药物研发了！

AlphaFold-latest为开发与蛋白质结合的小分子化合物提供了新的可能性。AlphaFold-latest在PoseBusters基准集的测试中优于AutoDock Vina等经典分子对接软件和DiffDock等深度学习算法的分子对接模型。

在没有真实蛋白质坐标或任何结合口袋信息的情况下，AlphaFold-latest仅使用蛋白质序列和小分子结构信息，就可以预测小分子配体与蛋白的结合构象。从下图可以看出，小分子的预测构象与实验数据十分接近，简直太强大了！！！

4. 预测蛋白质残基的修饰

最后，许多生物过程涉及蛋白质残基修饰，如翻译后修饰（Post-translational modification，PTM）。AlphaFold-latest可以预测生物分子中所见的一系列特征的结构，例如共价结合的配体、糖基化和修饰残基。

总之，非常期待试用新版本的AlphaFold-latest，是骡子是马，拉出来遛遛！