安装分子对接软件rDock

安装分子对接软件rDock

1. rDock简介

rDock是一种快速且通用的开源对接程序，可用于小分子-蛋白和小分子-核酸对接，能够进行高通量虚拟筛选（HTVS）和结合模式预测的研究。
rDock主要用C ++编写，其他的脚本和程序用C ++、perl或python语言编写。完整的rDock软件包需要少于50 MB的硬盘空间，并且可以在所有Linux计算机中编译。

2. rDock下载

rDock下载链接：download

3. rDock安装

3.1 依赖程序

在安装rDock前确认以下程序已安装

• gcc GNU C compiler (or your preferred C compiler)
• g++ GNU C++ compiler (or your preferred C++ compiler)
• make
• popt Command-line argument processing (run-time)
• popt-devel Command-line argument processing (compile-time)
• cppunit C++ unit testing framework (port of JUnit)
• cppunit-devel C++ unit testing framework (port of JUnit)

我自己的环境是缺少cppunit，单独下载安装，并将头文件复制到rDock的安装目录下的rDock_2013.1_src/build。

3.2 BUILD

进入安装目录rDock_2013.1_src/build

cd rDock_2013.1_src/build

接下来运行make，根据自己的环境选择

make linux-g++           #for 32-bit build with g++ compiler
make linux-g++-64        #for 64-bit build with g++ compiler

这一步总报错没有找到HelperMacros.h文件，该文件在路径cppunit-1.8.0/include/cppunit/extensions下，于是将cpp的include文件复制到build路径下。

cp -r cppunit-1.8.0/include/cppunit  rDock_2013.1_src/build

3.3 测试

make test                #Runs rDock unit tests

如果测试运行成功，则表示rDock安装成功。

3.4 设置环境变量

将以下变量写入~/.bashrc中来运行rDock。

export RBT_ROOT=/path/to/rDock/installation/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$RBT_ROOT/lib
export PATH=$PATH:$RBT_ROOT/bin