今天在看蛋白质的时候发现了一条这样的序列
KWKLFKKIEKVGQNIRDGIIKAGPAVAVVGQATQIAKb
看到结尾有个小写的b,感觉很陌生。一般氨基酸不都是用大写字母来表示吗?而且貌似也没见过大写的B表示的氨基酸。查查资料~
嗯,确实没有B!但是论文里面总不能是错的吧!再查查资料~
除此之外,还有一些三字母或单字母符号可用来表示未明确定义的缩写:
- Asx、B可代表天冬氨酸(Asp、D)或天冬酰胺(Asn、N)。
- Glx、Z可代表谷氨酸(Glu、E)或谷氨酰胺(Gln、Q)。
- Xle、J可代表亮氨酸(Leu、L)或异亮氨酸(Ile、I)。
- Xaa(亦用Unk)、X可代表任意氨基酸或未知氨基酸。
原来B表示天冬氨酸和天冬酰胺中的一种,那么小写的b又代表什么呢?
氨基酸用大写字母表示,则代表该氨基酸是天然存在的L型氨基酸。例如A表示L-丙氨酸(Alanine )、C表示L-半胱氨酸(Cysteine )和G表示L-甘氨酸(Glycine)。如果氨基酸的构型改变,在用单字母表示时,我们则是用小写字母表示。例如D-丙氨酸(Alanine )用a表示,D-异亮氨酸(Isoleucine)用i表示和D-甲硫氨酸(Methionine)用m表示。
比如:
多肽序列1: G T F L V R C D M A
共10个氨基酸,所有字母均是大写,则表示所有的氨基酸均是天然存在的L型氨基酸。
多肽序列2:G T F L v R C d M A
共10个氨基酸,序列里面有两个氨基酸是小写,说明对应的两个氨基酸是D型氨基酸。
所以b应该表示的是构形改变的天冬氨酸和天冬酰胺中的一种!