使用muscle多序列比对

云仄

已于 2022-08-28 10:26:52 修改

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分类专栏：生信 Linux 文章标签：生信

于 2022-08-24 10:25:25 首次发布

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安装

wget https://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
tar -xzvf muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle（一个新的文件夹可以是、home/nnn/muscle）
chmod +x muscle(x是777,775.。。。加权限）

使用

/home/nnn/muscle6.0.98_i86linux32 -in seqs.fa -out seqs.afa

如果出现ERROR MSA::GetLetter(4/105, 1608/48513)='Q'/4294967295

这个bug，可以通过一些尝试和错误来解决。可以改变输入序列的顺序，使用更少的-maxiter，我是加了参数解决了，可能还有其他解决方法，或者改变参数(如间隙惩罚)更改非常小的数量，等等

/home/nnn/muscle/muscle3.8.31_i86linux64 -in /home/nnn/muscle/S2.fasta -out /home/nnn/muscle/seqs.afa -maxiters 1 -diags

构建树

muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy -cluster neighborjoining

转clustalw

muscle -in seqs.afa -clw -out s.clw