muscle建树

最新推荐文章于 2023-12-10 22:40:03 发布
最新推荐文章于 2023-12-10 22:40:03 发布
阅读量615 收藏 1
点赞数
分类专栏： Linux 序列数据处理 文章标签： 数据分析
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42480153/article/details/124491833
版权
这篇博客详细介绍了如何利用cattop150.fa文件，通过Muscle软件进行序列比对，生成top150.align文件。接着，使用FastTree-nt工具对top150.align进行处理，构建了进化树top150.tre。内容涵盖了分子生物学中的序列分析和进化树构建技术。
摘要由CSDN通过智能技术生成

cat top150.fa|muscle >top150.align

FastTree -nt top150.align >top150.tre

马志远的生信笔记
关注
专栏目录
linux命令
musclei的博客
06-18 303
uptime（过去1，5，15分钟cpu平均负载） 简单理解为，平均负载其实就是平均活跃进程数（包括等待cpu的进程） 比如当平均负载为 2 时，意味着什么呢？ 在只有 2 个 CPU 的系统上，意味着所有的 CPU 都刚好被完全占用。 在 4 个 CPU 的系统上，意味着 CPU 有 50% 的空闲。 而在只有 1 个 CPU 的系统中，则意味着有一半的进程竞争不到 CPU 一般当平均负载高于 CPU 数量 70% 的时候，你就应该分析排查负载高的问题了 平均负载与 CPU 使用率 CPU 密集型
多序列比对&建树
weixin_42264277的博客
04-06 1891
相关链接 http://journals.sagepub.com/doi/10.3181/0903-MR-94 （冠状病毒的Minireview） http://www.biotrainee.com/thread-2253-1-1.html （系统发育树相关） https://blog.csdn.net/Cccrush/article/details/90695891 （详细介绍进化树的几种构建...
MUSCLE、IQtree 软件及使用简介
浓香鸭腿面的博客
01-15 1万+
本文以 4 个兰科物种的 252 个 NB-ARC domian 蛋白序列信息为数据集，介绍 MUSCLE、IQtree 的使用，最后构建出包含 252 个蛋白的无根进化树。 MUSCLE MUSCLE 是一款可以用于快速多序列比对的软件，相比 ClustalW 而言在不损失精度的情况下速度提升了数倍。 MUSCLE 下载 使用 apt 下载 sudo apt install muscle 使用 conda 下载 conda install muscle MUSCLE 使用 mus
python 进化树_跨界muscle构建进化树
weixin_39918043的博客
12-10 805
>1CAGACAGTTTATAGCAACACTGCCAACTCAGCTCCCGCCACAGAAATCGGAGGGAGGGTTCTGGAAAACACGAGTTCAAACTGGGAGCACCCCAGATGTGGG>2AGTTTATAGCAACACTACCAACTCAGCTCCCGCCACAGAAATCGGAGGGAGGGTTCTGGAAAACACAGGTTCAAACTGGGAGCACCCC...
Muscle
wangprince2017
10-05 8201
一、功能分类：多序列比对二、软件官网：http://www.drive5.com/muscle/ 三、软件介绍： MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)。它是一款非常简单好用的软件，muscle也是肌肉的意思，也寓意此款软件功能强劲有力。 muscle是在2004年公布的一款蛋白质水平多序列比对的开源软件，在速度和精度上都优于ClustalW。比...
实验篇——多序列比对，构树
2301_78630677的博客
08-19 982
系统发育树构建的软件大致有如下几种策略：从最简单的UPGMA法，到邻接法，最大简约法，再到最大似然法，以及贝叶斯法。其中最大似然法和贝叶斯算法是比较常用的构建进化树的方法。而本文主要讲述的是基于最大似然法的构树。本章主要简述了在Linux中通过muscle软件进行多序列比对，然后经过trimal软件进行修剪，以提高构树的准确性，再然后则是使用iqtree软件得到树文件。最后将得到的树文件导入figtree软件中可视化，并且美化进化树。 最是人间留不住，朱颜辞镜花辞树 –2023-8-17 实验篇
使用muscle多序列比对
niutingbaby的博客
08-24 1892
muscle多序列比对
clustalw序列比对_CLUSTALW(muscle序列比对)
weixin_33900596的博客
01-26 7842
CLUSTALW是一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序.Linux_clustalW安装及使用首先解压压缩包tar -xzvf clustalw-2.1.tar.gz进到解压后的文件夹cd clustalw-2.1安装./configuremake进到下面这个文件夹cd src/运行即可./clus...
基于Astral利用单拷贝同源基因构建物种树
liuninghua521的博客
01-22 6675
全网最简单：基于基因组构建物种树，一条命令，两种结果都有了！
系统发育树构建算法和软件
dengximo9047的博客
07-15 3368
文章转载于Original2017-07-08Berlin 生信百科 （1）距离法 对于UPGMA树现在已经很少见了，我只有在处理SSR数据的时候分析过一次，ME的方法不适用于物种数目较多的时候，计算时间较长。因此在这里以邻接法，NJ（Neighbor-Joining）为代表进行介绍， 邻接法由Saitou和Nei(1987)提出，NJ法是基于最小进化原理经常被...
构建单拷贝同源蛋白系统发育树，一条命令提序列!
liuninghua521的博客
09-10 4374
一条命令提取单拷贝同源蛋白序列！
linux 建树软件,科学网—非常快速的建树软件FastTree - 彭友松的博文
weixin_29471009的博客
05-11 372
FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments ofnucleotide or protein sequences. FastTree can handle alignmentswith up to a millionof sequencesin a reasonable amo...
Muscle参数一些介绍
CyRo
12-30 2449
是 Mecanim使用肌肉（Muscle）来限制不同的骨骼的运动范围，一旦Avatar配置完成，Mecanim就能解析骨骼结构，进而用户可以在Avatar面板中的Muscle选项卡中调节相关参数，在此可以非常容易的调整角色的运动范围，以确保骨骼运动起来更加的真实，自然，用户可以在试图上方使用预先定义的变形的方法对几根骨骼同时进行调整，也可以在试图下方对身体上的每一根骨骼进行单独调整  
Muscle 进行多序列比对
悠悠的博客
12-01 1万+
Muscle 进行多序列比对 转自：https://www.plob.org/article/9904.html 软件的主页是http://www.drive5.com/muscle/ 进入主页，简单看看软件介绍，这个软件还是蛮牛的，一个人在家里自己写出来的，当然，对于普通人来说，这个软件跟clustalW没什么区别，反正都是多序列比对啦！ 我们下载适合我们平台的版本即可！
linux下安装tree命令
mxhsyyd的博客
09-18 3601
1、下载tree安装包 wget http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/src/tree-1.7.0.tgz 2、解压下载后的文件 tar -zxvf tree-1.7.0.tgz 3、安装tree cd tree-1.7.0/ make install  
如何在Centos7中添加Tree命令
angus0620的博客
01-31 1849
作为一位建筑人，目前尝试着在Linux的道路上探索新的发展级。 今天无意中发现自己的centos没有tree命令，有点不解。也问了度娘，看到的是这样的答案： sudo apt-get install tree 输进去，不对啊： 后来一想，原来 ubuntu系统中默认是没有tree这个命令的，需要安装，用下面的命令就可以安装tree这个命令工具sudo apt-get ins...
常用生信软件安装使用
最新发布
m0_67761518的博客
12-10 1186
【代码】常用生信软件安装使用。
使用muscle进行多序列比对
庐州月光的博客
08-25 1万+
欢迎关注”生信修炼手册”!muscle是最为广泛使用的多序列比对工具之一，其速度和准确度比clustal都要更加优秀，在几秒钟的时间就可以完成上百条序列的比对，而且用法简单。官网如下ht...
几个多序列比对软件：Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较
热门推荐
悠悠的博客
12-01 4万+
几个多序列比对软件：Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较 转自：https://www.plob.org/article/4104.html ClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件, Muscle是速度最快的多序列比对之一,T-coffee是越来越受到欢迎的软件.它们各自有什么优点和缺点呢? ClustalW不仅可以用来做多序列比对,也能
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值