Density Profile Tool 程序（1D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的数密度分布（二）

---

​================================

给大家推荐一个结构轨迹后处理程序 Density Profile Tool，目前尝试过的轨迹文件只有LAMMPS文件，感兴趣的大家可以试试其他轨迹文件。这个后处理软件可以计算数密度、质量、电荷和电子分布等性质。

感谢论文的原作者！

VMD 插件：可分析数密度、质量、电荷和电子分布

Figure 1

Figure 2

软件信息：

文章题目：

Computing 1-D atomic densities in macromolecular simulations: The density profile tool for VMD

文章链接：

http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2013.08.022

软件名称：

Density Profile Tool

附件下载：

http://cpc.cs.qub.ac.uk/summaries/AEQM_v1_0.html

下载界面如下：

Figure 3

Figure 4

主要功能：

通过脚本来分析原子模拟轨迹，并为进一步的实验提供见解。

计算和可视化分子模型的各种密度函数的一维投影结果。

原子数密度分布 （Atom Number）

原子质量分布 （Atom Mass）

电荷分布 （Charge）

电子数分布（Electron number）

Figure 5

计算内容：

Figure 6

Figure 7

Figure 8

Figure 9

Figure 10

Figure 11

Figure 12

Figure 13

 ================================

以上是我们分享的一些经验或者文章的搬运，或有不足，欢迎大家指出！

如有侵权，请联系我立马删除！

详细内容（文章题目、文章链接、附件下载）可在微 信 公 众 号：原子与分子模拟获取，欢迎大家关注。