【程序分享】MD2D 程序：用于从分子动力学模拟中准确测定扩散系数的 python 模块

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分享一篇用于从分子动力学准确测定扩散系数的 python 模块:MD2D 。

感谢论文的原作者！

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主要内容

“通过将均方位移（MSD）拟合到爱因斯坦关系中，可以从分子动力学（MD）模拟中推导出自扩散系数。然而，有限的系统规模、不完全的布朗运动和有限的模拟时间可能会带来巨大的不确定性，需要对其进行估算。我们提出了一个 python 模块，以方便根据爱因斯坦关系准确确定自扩散系数。我们的研究表明，弹道阶段可以被清晰地识别和排除，从而提高自扩散系数计算的准确性和效率。通过对不同时间间隔计算的扩散系数进行集合平均，可以方便地获得正确的自扩散系数及其不确定性。同时，该模块还能计算粘度，将 MD 导出的自扩散系数修正到热力学极限。”——取自文章摘要。

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Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure 4

Figure 5

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