LAMMPS中reaxff-kokkos-openmp编译安装(亲测可行)

1、reaxff-kokkos-cuda编译

step1. 解压lammps软件包
step2. lammps文件夹目录下,进入src/MAKE中

cp OPTIONS/Makefile.kokkos_cuda_mpi .
vi Makefile.kokkos_cuda_mpi
image.png
修改增添上图内容,BDW对应位HOSTARCH MAXWELL50对应为GPUARCH,需要根据自己的服务器来确定,寻找网址如下:
https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark.html#@Processors
https://docs.lammps.org/Build_extras.html#kokkos

step3. 返回src目录

make yes-kokkos
make yes-你想要的包
make kokkos_cuda_mpi -j 56 (56为编译核数)

step4. 编译完成测试

命令:mpirun -np * lmp_kokkos -k on -sf kk -pk kokkos g 1 -in system.in

单任务分配GPU任务数(*)12345102030
速度(ns/day)0.5090.4230.2410.2210.1810.0960.0490.033

使用单核CPU配GPU,速度最快
使用20核CPU单独跑效率为 0.069 > 0.049 (20CPU+1GPU)

2、reaxff-openmp编译

step1. 解压lammps软件包
step2. lammps文件夹目录下,进入src/MAKE中

cp OPTIONS/Makefile.omp .
vi Makefile.omp
修改增添下图内容,
image.png

step3. 返回src目录

make yes-openmp
make yes-你想要的包
make omp -j 56 (56为编译核数)

3、reaxff-kokkos-cuda-openmp编译

step1. 解压lammps软件包
step2. lammps文件夹目录下,进入src/MAKE中

cp OPTIONS/Makefile.kokkos_omp .
vi Makefile.kokkos_omp
增加更改以下内容

image.png

step3. 返回src目录

make yes-openmp
make yes-kokkos
make yes-你想要的包(推荐,manyboody, rigid, kspace, molecule)
make kokkos_omp -j 56 (56为编译核数)

4、不同编译方式的速度测试

编译方式无加速ompkokkos_cudakokkos_omp
速度(ns/day)161.695111.13619.26818.833(21个原子,四原子类型,单核,单卡)
速度(ns/day)0.0960.013(30核,4线程)0.4940.50113586原子,5种
0.4230.423
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