8. 基于Lammps的ReaxFF MD模拟简介

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：基于Lammps的ReaxFF MD模拟简介

ReaxFF MD

ReaxFF MD的学习门槛或许很高，但或许也没那么高；相关内容多的一塌糊涂，但或许你只是缺个领路人；千说万说开头最难，但或许关注本系列就全解决了呢！

对ReaxFF MD或者本系列不了解的朋友可以先看看本系列第一篇文章：
ReaxFF MD系列简介

有朋友可能快要十万个为什么了哈
这个系列确定是讲ReaxFF MD吗？
咋一直讲linux相关的内容？
咋感觉一点干货都没有？
咋感觉都是讲没用的？
啥时能写点有用的？

朋友们，干货这就来了哈，从本节开始，咱正式进入ReaxFF MD最最最实用的知识讲解

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  简单来说，基于Lammps进行ReaxFF MD主要包括以下四个步骤。咱接下来的分享（以乙烯(PE)热解为例）基本也是按照以下四个步骤逐一推进（实际可能略有调整）。
  再多说一句不是题外话的题外话，咱都是实实在在的工科人，不会整那些虚头巴脑的花活。本系列其实就两字：实用。 如果非要三个字儿的话，看完本系列后烦请朋友们评论区补上！

1 确定力场（ffield.reax文件）

涉及理论知识会在下节分享，此处一言以蔽之：力场是否适用研究体系决定了模拟成功与否，可谓是方向决定成败。

2 建立模型（data文件）

本系列仅限于交流学习使用，使用Material Studio构建周期性模拟盒子，对体系进行几何构型优化和退火计算，导出car/mdf文件，进而直接生成data文件。

3 模拟设置（in文件）

简单来说，描述清楚Lammps要干的事情(5W+1H)：

What ：ReaxFF相关设置
Where：原子坐标和周期性盒子（data文件）
Who ：哪些原子（data文件原子id）
When ：哪些timestep
How ：lammps命令（in文件）

04 结果分析

一般需要生成(in文件确定)和分析(根据需要)以下文件：

• species.out(分子文件)
  输出指定timestep下模拟体系的分子式和数量信息
• bonds.reaxc(键序文件)
  输出指定timestep下模拟体系的键序信息
• lammpstrj(轨迹文件)
  输出指定timestep下模拟体系的坐标信息

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恭喜坚持学习到本篇的朋友，也感谢支持本系列的朋友，记得动动小手点个关注点个赞哦。后面的章节让我们一起逐个拿下吧！下节是ReaxFF力场内容的分享，拜了个拜~

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