Coot Tutorial
翻译自:
https://www.ccp4.ac.uk/schools/Japan-2018/tutorials/coot/coot-tutorial.pdf
文章目录
一. 鼠标使用
左键拖拽 | 旋转视图 |
---|---|
中间拖拽 / Ctrl + 左键拖拽 | 平移视图 |
Shift + 左键原子 / 左键双击原子 | 给原子加标签 |
右键拖拽 | 放大缩小 |
中键点击原子 | 以该原子为中心 |
滚动滚轮 | 增加减少map等高线(电子密度) |
二、使用步骤
打开文件
下载示例文件(文档中的地址失效了但仍列在下面,我用的自己的)
wget http://www.biop.ox.ac.uk/coot/tutorial/tutorial-modern.pdb
wget http://www.biop.ox.ac.uk/coot/tutorial/rnasa-1.8-allrefmac1.mtz
#or copy them from
/home/emsley/tutorial
先打开pdb文件:
File > Open Coordinates…
然后打开map文件:
File > Auto Open MTZ 或 Open MTZ, cif or phs… #打开mtz文件,后者会有提示框前者没有
File > Open Map… #打开mrc文件
也可以输入ID号Fetch进来
尝试拖拽右键进行放大缩小操作。
定位原子
Draw > Go To Atom… > Apply
可以点击不同链中的不同残基或上面的原子进行中心定位。
点击 Next Residue 或 按 空格键 ,定位下一个残基。
点击 Previous Residue 或 按 Shift + 空格键 ,定位上一个残基。
当然也可以直接按鼠标中间定位原子。