生信分析平台使用指导

本文档介绍了如何在Docker容器中使用生信分析平台。首先,确保在鲲鹏服务器或ARM64服务器上安装了docker。接着,通过初始运行命令启动并进入docker容器。容器内预装了Ubuntu、python、R、conda等工具。用户可通过jupyterLab Web端进行交互式计算,数据处理时将服务器目录与容器目录绑定,实现数据上传和处理。
摘要由CSDN通过智能技术生成

生信分析平台打包在docker容器中,并制作出镜像,可以在评论区留言获取镜像。

1. 环境配置
  • 鲲鹏服务器一台(或ARM64服务器一台)

  • 安装docker(运行docker查看服务器是否已安装)

2. 启用生信发行版
  1. 初始运行命令,创建并进入docker容器。(服务器只需启动一次,无需重复启动)

    sudo docker run -p 9090:8888 -e JUPYTER_ENABLE_LAB=yes -v /home/:/home/jovyan/mywork -it --user root --name mybiojupyter biojupyter:v2 bash
    

    退出容器:exit

  2. 启动jupyter lab ,得到jupyterLab Web端地址和token, 主机浏览器访问jupyterLab Web端地址

    启动命令:jupyter lab --allow-root

    出现如下界面,即启动成功!

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