为了满足大家个性化的需求,六点了开发出了Sixbox-linux ,也就是sixbox的linux版本,来实现本地linux机器、集群等linux服务器的快速部署和使用。
Sixbox-linux现在已经开放使用,欢迎大家到官网安装使用!同时有更好的使用体验,这里为大家详细展示从安装、配置到使用的所有要点。
本文导读
安装:下载、 配置文件、 CWLdb (workflow仓库)
使用:读写配置文件、运行CWL、从仓库中获取CWL流程、查看CWL流程、提交CWL流程到仓库、修改tag、删除仓库中的workflow
版本更新及其他
Sixbox-linux 安装
■ 下载
1.前往官网下载中心下载安装脚本Sixbox_linux64_latest.sh在linux终端运行以下指令
bash Sixbox_linux64_latest.sh
2.按照安装程序屏幕上的提示进行操作(如果您不确定任何设置,可以接受默认值)。
3.为了使更改生效,请关闭然后重新打开终端窗口。
4.请测试您的安装。在终端窗口,运行sixbox -h命令。如果已正确安装,将显示参数说明。
至此,Sixbox-linux的安装和配置顺利结束。
■ 配置文件
在了解Sixbox详细用法之前,您需要知道Sixbox配置文件的相关信息。
Sixbox的配置文件用于Sixbox权限控制、记录sixoclock软件仓库地址源和CWLdb路径,您可以在${HOME}/.sixbox/config.yaml中查看。
一个Sixbox配置文件的示例:
libPath: /root/.sixbox/lib
channel: https://www.sixoclock.net/api
token: eyJ0eXAiOiJKV1QiLCJhbGciOiJIUzI1NiJ9.eyJleHAiOjE2MzU2NzA0MjYsImlhdCI6MTYzNTY2NjgyNiwidWlkIjoiMTBhOGQ2YzUtZWM4MC00Mzg5LThlYTMtZWYyYTgyY2JlN2M5IiwiaXNfcmVmcmVzaCI6ZmFsc2UsInVuYW1lIjoiNjY2b2Nsb2NrIiwicGVybWlzc2lvbnMiOjIzfQ.ru86vr9cB2hlH-Sgf0i93A9D3_rEX2pk8Zvc1GHaZ
Sixbox配置文件中记载了三类信息:
-
token:记录您在sixoclock获取的授权token。
-
channel:记录sixbox从sixoclock仓库中拉取CWL Workflow的地址。
-
libPath:记录了CWLdb的lib路径,Sixbox默认lib路径在您安装Sixbox-linux的根路径。您也可以通过config中相关命令自定义该路径。
■ CWLdb(workflow仓库)
当您在使用Sixbox时,它会为您在本地自动建立一个名为CWLdb的CWL Workflow仓库,以便您管理、运行