BWT算法解析及Java语言实现

最新推荐文章于 2024-03-06 09:54:18 发布
最新推荐文章于 2024-03-06 09:54:18 发布
阅读量1.4k 收藏 3
点赞数 1
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/one209/article/details/79233523
版权
BWT算法通过循环右移和字典序排序，使相同字符相邻，便于后续的文本压缩。解码过程利用字符相对位置恢复原字符串。本文介绍了BWT原理，并提供了Java实现。
摘要由CSDN通过智能技术生成

BWT算法将原来的文本转换为一个相似的文本，转换后使得相同的字符位置连续或者相邻，之后可以使用其他技术如：Move-to-fronttransform 和 游程编码 进行文本压缩。

BWT原理：

1. BWT编码

①对需要转换的字符串后加“$”符号（$作为标识符，保证n个循环移位后的字符串均布相同），进行循环右移，每次循环一位，记录下每次右移后的结果。

②对循环移位后得到的n个字符串按照字典序排序。

③记录下排序后得到的每个字符串的最后一个字符（得到

最低0.47元/天 解锁文章
幼儿园的高材生w
关注
[Codewar练习-java]Burrows-Wheeler-Transformation(BWT压缩算法)
qq_28033719的博客
12-23 325
问题： 段位：4 说明： BWT压缩算法，是先枚举所有字符串移位后，再对移位后的字符串集合排序得出后缀以及原始数组索引的压缩算法，题目要求实现一次压缩算法以及压缩解压算法。 题目连接： Burrows-Wheeler-Transformation：https://www.codewars.com/kata/54ce4c6804fcc440a1000ecb/train/java 输入案例： Input: "bananabar" 所有的移位字符串集合： b a n a n a b a r r
一阶BWT过程
weixin_41640583的博客
02-13 1643
 BWT是一种以数据块为操作对象的可你的数据变换方法，其核心思想是对字符串循环移动后得到字符矩阵进行排序和变换。也就是对参考基因组进行了一次有规律的重新排序，变换的目的就是为了方便后续进行查找。 一阶BWT构造和查找的具体过程如下：一、BW变换（编码）：1.在源文本T后面添加一个额外的字符‘$’，定义该字符比源文件中所有字符都要小。2.文本T$做循环移动（每次一个字符）形成新的文本，原始文本T$和...
BWT完整算法
06-03
BWT的完整算法，包括SA，Occ等数组的建立。用于在基因链中快速匹配基因。
php实现bwt 算法
somebody oneday
05-13 779
<?php // super Jia's implementation of the BWT //2015年5月11日15:50:54 $string=$_POST['string1']; $bwt_string=bwt($string); print"oringinal string:$string"; echo""; echo""; print"after revert:$bwt_strin
BWT(Burrows-Wheeler Transformation)的讲解及java实现
weixin_30633405的博客
11-05 327
BWT(Burrows-Wheeler Transformation) 1.什么是BWT 　　压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式，进行紧密的编码。 BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本，转换后使得相同的字符位置连续或者相邻，之后可以使用其他技术如：Move-to-front transform和游程编码进行文本压缩。 ...
Java中的String与字符串压缩
在Java编程语言中，`String`类是一个非常重要且常用的类。它被用来表示一串字符的序列，类似于其他编程语言中的字符串类型。`String`类提供了许多方法来处理字符串，使得字符串的操作变得更加方便。 ## 1.2 字符串...
LLVM编译技术应用分析
吴建明wujianming_110117
08-04 2221
LLVM编译技术应用分析
YeastsIdentification-开源
04-28
它利用先进的算法和技术，尤其是Burrows-Wheeler变换（BWT），来分析和比较独特的DNA序列，帮助科研人员快速准确地鉴定不同酵母种类。作为一个基于Java的应用程序，它具备跨平台性，可以在多种操作系统上运行，包括...
368计算机毕业设计
ecmqrzdl
03-06 2744
毕业设计-基于混合蚁群算法的动态JSP研究与仿真.rar http://dl.vmall.com/c0rjdw1f54 原创基于JSP技术的通用型研究室网站设计和实现.rar http://dl.vmall.com/c0zzpua6zo 原创基于ASP.NET技术的中小企业信息化服务平台的开发.rar http://dl.vmall.com/c0ct0sf24v 原创基于Lucene.
BWT编码器和解码器：bwtenc bwtdec-matlab开发
06-01
我已经实现了 BWT 转换。当前的实现适用于文本文件。它也可以增强以转换图像。 这些文件是 bwtenc 和 bwtdec。 未来的工作包括使用当前的 bwt 模块 + Mive 进行图像压缩，以及 Huffman 或算术编码。 请向我发送建议和编码错误。 % 在命令提示符下输入 bwtenc 并% 显示用户界面。 % 目前，它只是文本文件。你可以只选择文本文件％ 目前。 %BWT 转换后的文件在%当前目录 %bwtdec 是 BWT 解码器% 在命令提示符下输入 bwtdec % 这个特定的函数读取转换后的 (BWT) % file bwt.txt 然后获取原始文件% 作为 orig_text % 确保转换后的文件 BWT.TXT 在% 当前目录
BWT 转换 源代码
12-10
BWT 转换 源代码,包括bzip2代码及可执行程序。
BWT算法在生物信息学中的应用（二）-算法实现
luanzheng_365的博客
11-19 1748
上一节中，介绍了BWT算法的基本原理，本节主要使用C++来完成BWT算法。主要思路基于上一节中的思想。
CM80-字符串变换-【字符串】
菜鸟学编程
10-30 255
一 题目 题目描述 给定一个string数组dic及数组大小n，同时给定字典中的两个字符串串s和串t，为将s变到t，每次可以改变s中的任意一个字符，请返回由s到t变换所需的最少步数。同时需要满足在变换过程中的每个串都是字典中的串。若无法变换到t则返回-1。保证字符串长度均小于等于10，字典中字符串数量小于等于500。 测试样例： ["abc","adc","bdc","aaa”],4,”abc","bdc" 返回：2 二 题解 class Change { public: /* 检查..
BWT变换及其应用
weixin_42189773的博客
12-13 2073
Burrows-Wheeler变换及其应用 引言 在数学中，经常需要对研究的对象做一些变换，使得问题的处理变得更简单，例如最常见的Fourier变换可以将信号从时域信号变换为频域信号。Burrows-Wheeler变换（后面简称BWT）也是一种变换，它接收一个串，输出一个变换后的串，BWT最开始被用在压缩算法，后来在index上也有很重要的应用。 BWT的过程 step1：产生所有输入串的循环串 ...
BWT算法 && BZOJ2408:混乱的置换
mengbi_er的博客
06-18 1101
BWT简介BWT算法可以将原文本转换成相似文本，并且可以用其他技术进行压缩。编码方式（1） 将文本串后加一个文本中不会出现的字符‘#’。（定义#小于文本串中任一字符） （2） 将文本串不断右移，得到新文本串。 （3） 将所有得到的文本串从小到大排序。 （4） 记F为排序后每个字符串第一个字符，L为每个字符串最后一个字符。易知原文本串中字符在F和L中分别出现且仅出现一次。 （5） L列即为处理
bwt比对算法 C语言,DNA比对算法：BWT
weixin_29981095的博客
05-23 890
DNA比对算法：BWTBWT算法，实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢？一、前缀树对于问题p in S？如果S=rpq，那么p为S前缀rp的一个后缀。于是，为了判断p in S 是否成立，我们找到S的所有前缀，然后逐一判断p是不是它们的后缀。为了加快效率，我们将所有的前缀建成一颗树，这棵树便是前缀树。下面，我们举例说明前缀树的建立过程和如何使用前缀树进行模式匹配。前缀树的建立假设S='ac...
BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法
weixin_34023982的博客
06-03 670
1.什么是BWT  　　压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式，进行紧密的编码。 　　BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本，转换后使得相同的字符位置连续或者相邻，之后可以使用其他技术如：Move-to-front transform 和 游程编码 进行文本压缩。 2.BWT原理 2.1 BWT编码  　　(1)首先，BWT先对需要...
C语言经典算法之BWT（Burrows-Wheeler Transform）变换
最新发布
weixin_56154577的博客
03-06 1394
Burrows-Wheeler 变换（BWT，Burrows-Wheeler Transform）是一种用于数据压缩的预处理步骤，它通过重新排列输入文本来构建新的序列，以便于后续进行高效的压缩。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值