使用RESM计算表达量（二代+加三代测序）

最新推荐文章于 2024-05-23 09:48:17 发布
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最近使用三代+三代做无参转录组测序，感觉公司算的表达量不怎么靠谱，决定亲自算一算。摸索了好久，做个笔记，供大家参考。

1，安装RESM软件：

下载地址则http://deweylab.github.io/RSEM/，下载最新版的安装吧！

安装：make 

make install 

没有root权限使用make install 可能出错，使用 make DESTDIR=/install/directory install安装到指定目录。

建议吧RESM的bin文件加入环境中，调用的时候简单一些。

2，安装bowtie2软件：

下载地址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3

安装：解压后进入bowtie2目录：make

然后赋予绝对权限：chmod 777 bowtie

把bowtie2加入环境内，方便调用。

3，开始使用RSEM来计算表达量了

（1），建立索引：我这里是无参的，所有先建立基因与转录本的对应表mouse_

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西厢老妖
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06-03
这个代码实现了一个求组合数的函数，其中m表示总共有多少个数，n表示要从中选出多少个数来组合。函数返回一个列表，列表中每个元素都是一个列表，表示一种组合。 例如，当m=5，n=3时，函数返回的列表就表示从1到5这5个数中选出3个数来组合的所有可能性。 这个函数的实现方式是通过递归来求解。对于每一个i，先求出从1到i-1中选出n-1个数来组合的所有可能性，然后将i加入到每一种可能性中。最终将所有可能性都加入到结果列表中并返回。 在本例中，调用combination(5, 3)即可求得5个数中选3个数来组合的所有可能性。
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