2018年07月_2tong杂货铺

原创 linux shell脚本服务重启

要实现某个服务的重启，需要执行两个脚本文件，一个用于启动这个服务，记录下这个服务的pid，另一个则用于读取记录服务pid的文件，并杀掉这个pid。1：start.sh#!/bin/bash#编写你需要执行的命令，以后台运行的方式运行这个命令，否则pid会无法生成java -jar Test.jar > output.out &#指定一个文件接收pidecho ...

2018-07-23 16:26:34 5868

原创 Linux后台运行服务、定时运行服务

linux后台运行服务版本1：这里以后台运行java -jar Test.jar为例java -jar Test.jar &这种情况，窗口将不会被锁定，但是如果直接关闭了所在的窗口，将会停止运行版本2：同样以后台运行java -jar Test.jar为例：nohup java -jar Test.jar & 这种情况：会自动生成nohup.ou...

2018-07-23 16:13:04 3059

原创一些有趣的链接与常用命令

1：比较好看的二维码生成网站如图所示：联图二维码：http://www.liantu.com/持续更新~2.firefox清除缓存shirt+ctrl+delete3.linux查看某个文件夹下的文件大小ls -lh4.three.js学习网站的一个很有趣的网址http://www.hewebgl.com/code/show/9.html5.three...

2018-07-20 09:28:11 5320

原创 Linux --忘记root密码/su: Authentication failure

如果忘记了root用户的密码，或者su root的时候，提示：su: Authentication failure那么，可以通过以下的方式来重新设置密码，而后，再尝试，那么就可以顺利su root了：sudo passwd root...

2018-07-18 16:18:49 8544

原创 Ajax使用方式小记

嗯，是的，没错的，作为一个还没有来得及缓和“被托孤”这一事实的我而言，还是有很多需要整理和学习的。mark一下，回家整理一下。以免没有奶粉造成的无法冲奶。...

2018-07-17 16:32:49 150

虽然还没有搞懂文件上传、下载、删除的问题，先来学习一波下一次迭代可能会用到的百度云推送API使用方式。测试截图开发准备1：登陆百度云账号，注册成为开发者账号2：创建一个应用用于测试依次需要填写的信息有：应用名称、应用包名、适配的机器(安卓或者ios)Tips：应用包名将会是你接下来创建工程文件时，所在的包的包名称。如果你不这样做的话，可能会报错30608。3：进入应用点击“创建推送”，可以使用控制...

2018-07-13 14:54:16 3086

原创 Mysql三种常用的top10返回查询语句

top10排名返回的问题，先记录一下目前想到的三种方式：1：基础款SELECT A.* , @rank:=@rank+1 AS pm FROM (SELECT * FROM userlist ORDER BY points DESC) A, (SELECT @rank:=0) B;查询结果为：2：相同分数分配同样的排名，排名会根据前面的人数进行顺延select t.*,(select count...

2018-07-12 14:37:19 17644

原创 HTML页面导出为PDF

交接的内容中涉及到了HTML页面导出为PDF这一功能需求，虽然之前由看过，但是为了防止自己忘记，还是自己再实践一下的好，嗯。测试1:准备两个js文件jsPdf.debug.js //选择合适你的版本html2canvas.js //选择合适你的版本需要这样两个js文件，其中html2canvas.js文件主要用于将html文件转换为图片，而后jsPdf.debug.js文件负责将图片导成文件...

2018-07-11 15:15:07 12485

原创 Genome Browser使用方式札记

应该会持续更新，因为目前还搞不懂这些文件的作用，捂脸安装步骤介绍：-->1:安装dockersudo apt-get updatesudo apt-get install docker.iodocker --version-->2:获取NGB.gitgit clone https://github.com/epam/NGB.git-->3:进行构建cd NGB./grad...

2018-07-11 14:24:43 4386

原创第一次帮忙组装台式机

还在攒老婆本的我，还没有组装自己的第一台台式机，清单也是列了改，改了继续作为攒钱目标之一。昨天第一次帮忙同事组装电脑，期间因为自己没有扣好内存条而导致一直不亮的问题没有发现，导致拆了重新装，幸好拧螺丝、插线速度比较快，不亮也不着急，总体感觉还好。（当然，同事比较着急，也比较生气，因为第一次不亮，哈哈哈，最后气到不行，开始自己查，这里也是觉得很抱歉）首先的首先，请确保自己的老腰是好用的，在帮忙期间，...

2018-07-11 14:24:28 271

原创 GATK学习杂记

-->关于要不要使用samtools来进行格式转换在https://github.com/gatk-workflows/seq-format-conversion中指出，希望使用seq-format-conversion来代替使用samtools进行格式转换。理由有如下两点：1.Samtools1.3由于在包中含有老版本的htslib，导致会生成不正确的bins2.Samtools1.4和1...

2018-07-11 14:24:21 755

原创 GATK相关的术语整理

刚刚接触GATK有很多不了解的术语，这里做一下笔记，方便之后的继续学习：1：GATK全称为：Genome Analysis Toolkit；官网链接为： https://software.broadinstitute.org/gatk/；它是一个应用于前沿科学研究的软件，在不断地进行更新和修正，目前的版本是4.0，在使用时，最好登录官网，查看可供下载的最新版本，采用最新版本来进行相关研究；GATK...

2018-07-11 14:24:15 1468

翻译 GATK官方文档翻译-Data pre-processing for variant discovery

原文所在链接：Data pre-processing for variant discovery针对变异发现的数据预处理1.目的为进行变异发现而进行的数据预处理，是强制性的第一阶段，必须先于所有变异发现。需要对以FASTQ或uBAM格式提供的原始序列化数据进行预处理，以生成可用于分析的BAM文件。涉及到对照参考基因组操作、一些数据清洗操作，来纠正技术偏差、使得数据更适于分析。 ...

2018-07-11 14:24:09 558

原创 GATK4环境配置步骤札记2

很愚蠢的一点，输入wget之后，就放假回家去了，导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了........浏览器下载失败，转用wget URL的形式失败，改为采用：下载完成后，进行如下操作：而后，unzip gatk-4.0.2.1.zip文件，cd gatk-4.0.2.1后，ls下：--->新的环境需求，嗯，对的，目标是先local配置下gatk，然后运行下样例文件，所以，继续配置...

2018-07-11 14:23:25 4452

原创 GATK4环境配置步骤札记

-->Requirements1：Java 8查看已安装的java环境后，如需安装java 8，可以按照如下方式进行操作：2：Optional,but recommended:------>Gradle添加PPA仓库、更新源后，可以查看可以安装的Gradle版本，选择其中一个版本安装即可，需要注意的是，Gradle3.1及以上需要Java 7及以上的支持：----->Python...

2018-07-11 14:23:15 5007

翻译 GATK官方文档翻译--Spark

原文所在链接：SparkSpark简而言之，Spark是GATK4用来实现多线程的一种软件，是一种允许一台计算机(或计算机集群)尽快完成任务的并行化形式。你可以在这里阅读有关GATK中多线程、并行性的更多信息。Spark软件库是开源的，由Apache Software Foundation维护。在计算机行业中，Spark应用非常广泛，是加速分析流程执行速度的最有前景的技术之一。不是所有的GATK工...

2018-07-11 14:23:08 2796

原创 Docker使用时遇到的一些问题札记

还没有系统学习Docker，抽出时间还是要系统学习学习的，目前，还是先记录记录遇到的一些问题：1：Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?[root@gatk-test ~]# docker imagesCannot connect ...

2018-07-10 15:48:17 674

原创 Virtual Box内虚拟机的硬盘扩容方式

加班时候发现运程虚拟机的vdi文件不知何时丢失了，真是难过的一天，需要重新配置环境了，233333两天前建立虚拟机的时候，分配给硬盘30GB大小，蜜汁自信，觉得足够了，嗯，然后啪啪打脸，发现需要扩容。扩容步骤：1-->确定Virtual Box的安装目录Virtual Box安装目录为：D:\Coding\Oracle\VirtualBox2-->确定待扩容的镜像的vdi文件所在目录需...

2018-07-10 15:47:50 11131

原创 Struts2 实现一个开关控制一个页面的两个版本

行吧，我也搞不懂我自己在写什么，大概就是一种实现方式，当你不确定同一个页面，要用版本A还是版本B的时候，可以通过如下的方式进行实现。1：准备一个其他页面用于引入的文件，为brandConfrim.jsp文件<%@ taglib uri="/struts-tags" prefix="s" %><s:set name="brand" value = "2pang" />&a

2018-07-10 15:39:49 159

原创 Struts2的s标签库使用方式

出于对项目的维护，最近应该都是需要好好了解struts2的，嗯，加油，2tong。标签库引入在阅读代码的时候，想起自己曾经遇到过的一个问题<s:if test=''></s:if><s:else></s:else>原因应该是没有引入s标签库。在开发的过程中，如果想要使用s标签库，应...

2018-07-10 14:45:20 1697

原创 GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

从开始听GATK的培训会，就想要自己配置一个和GATK-Tutorial阿里云公共镜像一模一样的虚拟机环境。然而，现实是旅馆的网速很不给力，回来之后沉迷于迫切需要完成的、令我头大的工作，也没有足够多的时间来完成这件事情。嗯，其实还是自己有些懒了，嘿嘿，就很蠢，其实配置一下，对很迫切需要完成的工作还是有一定的好处的。基础环境：还是那个镜像，Ubuntu16.04-->1:安装Rsudo apt...

2018-07-10 14:28:26 2735 2

原创短信服务--阿里云学习使用札记

阿里云目前提供的短信服务主要有四项：1：短信发送API2：短信查询API3：短信消息API4：短信批量发送API群发由于需要升级到企业用户才可以使用，暂时不在学习使用的考虑范围内了就。-->短信发送API编写了简单的form表单进行测试，在input框内输入电话号码，点击begin test按钮后，会收到验证码。 ...

2018-07-10 14:27:44 470

原创 Javascript学习和整理札记--数据+过程Part(1)

动次打次，开始努力地学习学习JavaScript-------------------------------------------------------->分割线JavaScript：数据+过程 -->数据：简单数据和复杂数据 --->简单数据：undefined，null，boolean，number和string --->复杂...

2018-07-10 13:11:13 175

原创 HTML学习札记-列表

2017-07-20 HTML学习列表列表主要分为无序列表、有序列表和自定义列表三种，而后就是加各种属性什么的了，同时要注意的是，列表是支持嵌套的1：不同类型的无序列表 #最基础的 #type属性 2. 不同类型的有序列表 #最基础的

2018-07-10 13:10:58 292

翻译 GATK官方文档翻译--Tool Documentation Index

原文所在链接：Tool Documentation Index工具文档索引1.Copy Number Variant Discovery 拷贝数变异发现 2.Coverage Analysis 覆盖率分析3.Diagnostics and Quality Control 诊断和质量控制4.Intervals Manipulation 间隔操作5.Metagenomics 宏基因组学6.Other ...

2018-07-10 13:10:24 1075

原创 Mysql数据库采用csv进行导入导出

最近的工作，围绕师兄离职展开，嗯，还需要恶补的大概有：数据库设计与操作、git常见使用问题、数据库导入导出、熟悉合代码啥的。在导入师兄给的1GB左右的数据库sql文件的时候，很郁闷的发现，导入一半卡住了，嗯，于是，委琐的手动导出了剩下没有导入的数据库，然后再导进去。那么，遇到这种情况，是否可以考虑其他方式呢？那就是csv导入导出这种方式了，可以说是很适合了。-------------------...

2018-07-10 11:31:32 294

原创本机可通过ip访问Mysql数据库的小方式

1：win+R键入cmd2:在cmd中键入”mysql -u root -p“Tips：其中，root是用户名称，可以根据需要进行更改3:在cmd中键入”show databases;“确认下你的所有数据库。4：在cmd中键入“grant all privileges on '*' to 'name'@'%' identified by 'password'; ”Tips:*代表所要开放权限的数...

2018-07-04 10:16:26 4357

原创让电脑IP固定下来的小方式

1：查看以太网状态的详细信息2：记录以太网状态的详细信息记录下IPv4地址、IPv4子网掩码、IPv4DNS服务器。3：进行属性修改可以勾选上”退出时验证设置“，这里也就可以发现，如果不是让用户默认必须选择，可以选择用复选框而不是单选框。...

2018-07-04 09:14:57 3023

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