GATK4环境配置步骤札记

最新推荐文章于 2024-06-29 10:49:34 发布
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分类专栏： GATK 文章标签： GATK
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本文链接：https://blog.csdn.net/orange_612/article/details/79466521
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本文详细记录了GATK4的环境配置步骤，包括必备的Java 8，推荐的Gradle安装，以及Python 3.6.2和R 3.2.5的配置。同时提到了可选的git-lfs的安装与版本检查。
摘要由CSDN通过智能技术生成

-->Requirements

1：Java 8

查看已安装的java环境后，如需安装java 8，可以按照如下方式进行操作：

2：Optional,but recommended:

------>Gradle

添加PPA仓库、更新源后，可以查看可以安装的Gradle版本，选择其中一个版本安装即可，需要注意的是，Gradle3.1及以上需要Java 7及以上的支持：


----->Python 2.6 or greater / Python 3.6.2

首先，验证一下系统中的pythona安装版本

如果有Python 2.7.12、Python3.6.2则可

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GATK4环境配置步骤札记2
2tong
07-11 4450
很愚蠢的一点，输入wget之后，就放假回家去了，导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了........浏览器下载失败，转用wget URL的形式失败，改为采用：下载完成后，进行如下操作：而后，unzip gatk-4.0.2.1.zip文件，cd gatk-4.0.2.1后，ls下：--->新的环境需求，嗯，对的，目标是先local配置下gatk，然后运行下样例文件，所以，继续配置...
生信｜GATK4 install
m0_57290840的博客
08-19 1329
git clone https://github.com.cnpmjs.org/broadinstitute/gatk curl -s https://packagecloud.io/install/repositories/github/git-lfs/script.deb.sh | sudo bash ###The results of running the code### Detected operating system as LinuxMint/ulyana. Checking for.
GATK 4.0 鲲鹏适配
yzq280736579的博客
06-29 312
GATK全称Genome Anlysis Toolkit，顾名思义，是一套用于分析基因组的工具箱。GATK4是Broad Institute公司2018年1月发布的GATK最新版本，该版本相较于上一代版本有较大改动，包含了新开发的流程和最新的基于机器学习算法的工具。GATK4极大的优化了性能、运算速度、接口灵活性以及可扩展性，端到端的流程即可基于本地也可运行于云端，同时基于spark开发，支持集群部署。GATK官方网站。
GATK 4.0正式版发布
weixin_34273481的博客
03-31 617
信息摘要： 批量计算推出基于云端的基因数据分析流程GATK 4.0版本。适用客户： 基因测序行业用户版本/规格功能： GATK 4.0正式版支持Broad Institute最佳实践流程。产品文档： https://help.aliyun.com/document_detail/60414.html ...
Windows 10使用gvsbuild安装配置GTK
Ayka的博客
05-15 2326
根据GTK官方网站Setting up GTK for Windows，在Windows上安装GTK有两种方法，一种是使用MSYS，这种方法较为简单，在此不表；另一种是使用gvsbuild，较为复杂，流程如下： 安装dependencies，可在gvsbuild查看，当前版本为：Visual Studio 2019（2015及以上版本）、MSYS2 64、Python 3.9.2（3.6及以上版本）。更新MSYS2的包。 将该库克隆到C:\gtk-build\github\gvsbuild，注意该路径不
实验记录 | GATK的安装
weixin_40640700的博客
05-06 7504
GATK主要支持在linux平台/MacOS平台，window平台并不支持。 因此下面的操作都在linux平台运行。 参考链接：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360036194592-Getting-started-with-GATK4 1.下载GTAK并解压 下载GATK的安装包。 参考链接：https://software.broadinstitute.org/gatk/ 注意解压指令是unzip。 unzip gatk-4.2.0.
GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio
2tong
07-10 2734
从开始听GATK的培训会，就想要自己配置一个和GATK-Tutorial阿里云公共镜像一模一样的虚拟机环境。然而，现实是旅馆的网速很不给力，回来之后沉迷于迫切需要完成的、令我头大的工作，也没有足够多的时间来完成这件事情。嗯，其实还是自己有些懒了，嘿嘿，就很蠢，其实配置一下，对很迫切需要完成的工作还是有一定的好处的。基础环境：还是那个镜像，Ubuntu16.04-->1:安装Rsudo apt...
atlas_gatk4:在Atlas HPC上测试gatk4模块
04-07
Atlas HPC上的GATK4模块 在Atlas HPC上测试gatk4模块 示例数据集 重用GATK nextflow管道中的数据集（ ） wget https://iastate.box.com/shared/static/wt85l6s4nw4kycm2bo0gpgjq752osatu.gz tar -xf wt85l6s4nw4...
gatk4-data-processing:使用GATK4和相关工具处理高通量测序数据以进行变体发现的工作流程
05-01
gatk4-数据处理 目的 ： 使用GATK4和相关工具处理高通量测序数据以进行变体发现的工作流程。 处理变量发现gatk4： 处理变异发现gatk4 WDL管道根据实施数据预处理。 工作流将未映射的BAM列表文件（包含未映射的bam...
安装unzip_（DownLoad）GATK软件安装
weixin_35434041的博客
01-13 806
GATK软件安装搜索github，自行下载最新版本Releases · broadinstitute/gatk (github.com)右键点击复制链接然后下载cd biosoft proxy_on # 开启终端代理 wget -c https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.9.0/gatk-4.1.9.0.zip #...
GATK使用方法详细介绍
07-31
GATK软件使用方法详细描述，好的资源不容错过！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库.zip
09-18
gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库 注意：请查看网站，你可以下载预编译可执行文件，阅读文档，提问，并接收技术支持。 GATK 4这个库包含了下一代基因组分析工具包( GATK ) 。 这个存储库的内容是 100%开放源码的，并在 BSD 3-Clau
GATK安装及java环境配置
SUN5_The_answer的博客
05-10 3711
gatk检测SNPs的工作大多数都是重复性的命令，众所周知，重测序数据少则几百个，多的参考人类基因组。将嵌套入循环脚本中进行工作无疑是最高效的做法（一开始为了方便，我是直接使用conda的安装方法，但是在脚本内反复切换环境常会出错（大多数都是我的操作不当），为了解决这一麻烦，不得不自己安装编译版……
gatk4的安装与下载
hgz2020的博客
06-26 6880
gatk4
GATK4基本概念整理
庐州月光的博客
05-15 1407
欢迎关注"生信修炼手册"！GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snp call...
关于snp-calling中GATK软件的最佳线程（核心）数
weixin_51760169的博客
11-02 4871
对于在服务器上跑测序数据的生信初学者来说，每一个步骤和命令应该请求多少线程总会让人一头雾水。盲目求多不可取，浪费运算资源（和浪费钱~），可是如果线程数太少又不知要跑到猴年马月。本文测试对比了gatk部分命令在不同线程下的运行速度，以供参考。（节约时间的话直接拉到最后看结果）
GATK4注意事项
weixin_30586257的博客
08-01 2577
近期在测试多样品的WES的过程中发现用HC得到gvcf之后，合并多个样品的gvcf文件的过程中，使用CombineGVCFs的过程中很慢，发现官网推荐使用GenomicsDBImport 用法如下： gatk GenomicsDBImport \ -V data/gvcfs/mother.g.vcf \ -V data/gvcfs/father.g.vcf \...
基因数据处理72之GATK安装成功
Keep Learning
12-20 7538
1.下载：git clone https://github.com/broadgsa/gatk-protected.git 2.安装：git checkout 3.5 mvn clean package -DskipTests 3.安装成功：[INFO] Reactor Summary: [INFO] [INFO] GATK Root ...............................
GATK4和GATK一样吗，使用gatk4进行SNP过滤应该怎样进行
最新发布
09-14
GATK4（Genome Analysis Toolkit version 4）并不是GATK（Genome Analysis Toolkit version 3）的简单升级，而是完全重构的一个新一代工具集。它采用了更现代的架构和设计理念，提供了一套更高效、模块化和用户友好...
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