GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

本文记录了在Ubuntu16.04上配置GATK环境的过程,包括安装R和RStudio,特别是详细介绍了如何安装RStudio Server,并解决安装过程中遇到的包依赖问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

从开始听GATK的培训会,就想要自己配置一个和GATK-Tutorial阿里云公共镜像一模一样的虚拟机环境。

然而,现实是旅馆的网速很不给力,回来之后沉迷于迫切需要完成的、令我头大的工作,也没有足够多的时间来完成这件事情。

嗯,其实还是自己有些懒了,嘿嘿,就很蠢,其实配置一下,对很迫切需要完成的工作还是有一定的好处的。

基础环境:还是那个镜像,Ubuntu16.04

-->1:安装R

sudo apt-get install r-base


-->2:安装R Studio

wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.136-amd64.deb
sudo apt-get install gdebi-core
sudo apt-get install libapparmor1
GATK(Genome Analysis Toolkit)是一款强大的生物信息学工具,用于分析基因组数据。VariantFiltration 是 GATK 中的一个功能,用于对基因组变异进行过滤和评估。其中的参数 --genotype-filter-name 和 -G-filter-name 用于指定使用特定的过滤规则对基因型数据进行过滤。 使用这些参数时,你需要指定一个或多个过滤规则的名称。这些名称通常是在 GATK 的过滤规则文件(例如,GQT, GVCF, or BQSR)中定义的。你可以通过在命令行中指定这些文件来使用它们。 下面是一个基本的 GATK VariantFiltration 命令示例,使用 --genotype-filter-name 参数: ```bash gatk VariantFiltration --genotype-filter-name MyFilter \ -R reference.fasta \ -V input.vcf \ -O output.vcf ``` 在这个例子中,我们使用了名为 "MyFilter" 的过滤规则。你需要将 "MyFilter" 替换为你想要使用的实际过滤规则的名称。该命令会将变异数据经过过滤,并将过滤后的结果输出到 output.vcf 文件中。 同样,你还可以使用 -G-filter-name 参数来使用全局过滤规则。例如: ```bash gatk VariantFiltration -G GATKGlobalFilter \ -R reference.fasta \ -V input.vcf \ -O output.vcf ``` 在这个例子中,我们使用了名为 "GATKGlobalFilter" 的全局过滤规则。你需要将 "GATKGlobalFilter" 替换为你想要使用的实际全局过滤规则的名称。 请注意,具体的命令和参数可能会根据你的数据和需求而有所不同。在使用 GATK 进行 VariantFiltration 时,建议参考 GATK 的官方文档和示例,以确保正确使用
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值