GATK4环境配置步骤札记2

最新推荐文章于 2024-06-29 10:49:34 发布
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分类专栏： GATK 文章标签： GATK
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本文记录了GATK4环境配置的过程，包括从wget下载失败的教训，到成功配置GATK、Picard、Samtools、Python 2.7及Cromwell，并通过运行样例文件验证配置完成。
摘要由CSDN通过智能技术生成

很愚蠢的一点，输入wget之后，就放假回家去了，导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了........

浏览器下载失败，转用wget URL的形式失败，改为采用：

下载完成后，进行如下操作：


而后，unzip gatk-4.0.2.1.zip文件，cd gatk-4.0.2.1后，ls下：

--->新的环境需求，嗯，对的，目标是先local配置下gatk，然后运行下样例文件，所以，继续配置所需要的环境配置

1：GATK4.beta.3 or later

    由于之前已经安装了，这里就先不安装了。

2：Picard2.x

3：Samtools

4：Python 2.7


5：Cromwell

首先，下载cromwell相应版本的jar包，这里下载的是30.2&#x

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