R语言你应知道的若干技巧：环境设置/文件读写/报错

1.环境设置

在R语言中一般以来Rstudio进行操作。我们需要从Rstudio中新建R project，即运行环境：

有关Python的报错不需要管，你可以选择安装，或者找别的教程取消报错。

在建立起R project之后，我们需要新建脚本运行代码。一般在脚本中逐行RUN。

#即为注释，不运行

R project文件夹可以移动，双击Rproj格式文件即可重置默认位置。

注意用Rproject管理文件，不然会引起报错

通常使用以下代码清除环境变量：

rm(list = ls())

2.报错或警告等异常

3.R特有的变量保存格式：Rdata

用于储存有用的变量，准备下次再用

save(g,s,file="gands.Rdata")
将g，s两个变量存储在gands.Rdata中
load("gands.Rdata")
加载

4.环境变量的删除

# 删除 
rm(x)
rm(df1,df2)
rm(list = ls()) 

5.R语言代码与数据不相匹配，优先修改数据

6.文件显示后缀win10/win11

7.文件读取与导出

7.1读取

使用read函数进行读取文件txt，csv。

#1.读取ex1.txt
ex1 <- read.table("ex1.txt")#默认第一行不作向量名
#使第一行成为向量名
ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T)

同理:

#2.读取ex2.csv
ex2 <- read.csv("ex2.csv")

如出现表头与Excel不同，行名存在于第一列，可通过以下代码修正：

ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)

或
m2 = tibble::column_to_rownames(m2, "ID_REF")

注意，不允许行名重复： 

示例：

 1.读取GSE217012_Normalized_RPKM_LOG2_matrix.txt.gz（已保存在工作目录）
x1 = read.delim("GSE217012_Normalized_RPKM_LOG2_matrix.txt.gz",check.names = F)
x2 = data.table::fread("GSE217012_Normalized_RPKM_LOG2_matrix.txt.gz",data.table = F)
x3 = rio::import("GSE217012_Normalized_RPKM_LOG2_matrix.txt.gz")

7.2使用write函数导出

#3.数据框导出
write.csv(ex2,file = "example.csv")
write.table(ex2,file = "example.txt")

7.3 其他包的读取函数

data.table

#用data.table来读取
library(data.table)
ex1 = fread("ex1.txt")
class(ex1)
ex1 = fread("ex1.txt",data.table = F)#不要data.table格式
class(ex1)
ex2 = fread("ex2.csv",data.table = F)
#没有直接设置行名的参数
library(tibble)
ex2 = column_to_rownames(ex2,"V1")

rio

#rio,很适合Excel，大家最好用它
library(rio)
#一个函数支持读取很多格式，见帮助文档
ex1 = import("ex1.txt")
#一个函数支持导出很多格式，见帮助文档
export(ex1,file = "ex1.xlsx")

 补充：1.如果文件不位于project环境中怎么办?

a=read.delim("../生信技能数教程/DAY3-4/R_02/GSE217012_Normalized_RPKM_LOG2_matrix.txt.gz")#../表示上一级,也可用绝对路径

read.delim可读取压缩文件 

2.想要跳过某行删除某行怎么办?

a=read.delim("GPL19978.txt",skip = 8,comment.char"!")#跳过前8行，！为注释语句，不读取
b=data.table::fread("GPL19978.txt",skip = 8)
d = rio::import("GPL19978.txt",skip = 8)
read.delim("GPL19978.txt",skip = 8) 
a2 = a2 [-nrow (a2),]#去掉最后一行

有空行怎么去？
k=ids$circRNA!=""
ids1 = ids[k,]

8.如何统一加载包？

使用pacman包来方便快捷的批量管理各种r包

9.使R语言变成英文

Sys.setenv(LANGUAGE = "en")

为什么你的R语言不能默认显示英文呢

10.括号太多分不清？彩虹括号来帮你

11.If函数：长脚本的管理

引用自生信技能树