Tajima's D的意义

最新推荐文章于 2024-07-10 14:26:56 发布
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Tajima's D的意义

D值数学解释生物学解释1生物学解释2
D=0Theta-Pi = Theta-k (Observed=Expected). 平均杂合度=多态位点的个数观测变异类似于期望变异群体根据突变-漂移平衡演变。 没有选择的证据
D<0Theta-Pi < Theta-k (Observed<Expected). 单倍型数(更低的平均杂合度) < 多态位点的个数稀有等位基因以高频率存在（超过稀有等位基因）最近的选择性清除，最近瓶颈后的群体扩张，与清除基因连锁
D>0Theta-Pi > Theta-k (Observed>Expected). 单倍型数(更多平均杂合度)>多态位点的个数稀有等位基因以低频率存在（缺少稀有等位基因）平衡选择，突然群体收缩
StarSkyZheng
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Fst & Pi
GeekFocus
05-22 757
Wright引入FST作为描述二倍体群体遗传结构的三个相关参数之一。
Tajima‘s D群体遗传
hs6605015的博客
11-08 7660
Tajima’s D 中性检测的指标 Tajima’s D是由日本研究员田田文雄（Fumio Tajima）创建的群体基因检验统计数据。D的计算方法是两种遗传多样性测量值之间的差异：成对差异的平均数量和分离位点的数量，每个都按比例调整，以便在中等规模的恒定大小的群体中预期它们是相同的。 Tajima’s D检验的目的是区分随机演变的DNA序列（“中性”）和在非随机过程中演化的DNA序列，包括定向选择或平衡选择，群体统计学扩展或收缩，遗传搭便车或渐渗。随机进化的DNA序列含有突变，对生物的适应性和存活率没有影
Fst, pi, TajimaD plink 计算
coolsen133的专栏
09-21 1万+
Fst, pi, TajimaD 计算 首先使用vcftools 计算出来各个各个值 vcftools --vcf test.vcf--window-pi 3000--out test vcftools --vcf test.vcf--TajimaD 3000--out test vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop p1.tx...
【基于R语言群体遗传学】-16-中性检验Tajima‘s D及连锁不平衡 linkage disequilibrium (LD)
qq_51566832的博客
07-10 1331
中性检验Tajima's D及连锁不平衡 linkage disequilibrium (LD)
the perl script of Tajima's D (backups)
半个馒头
04-16 2803
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; =c--------------------------------------- this perl script is edited to compute tajima's D the origin file path is : /ifs5/ST_COMG/USER/yanzengli/tajima
选择区域的检验tajimD
zhu_si_tao的博客
10-27 1396
1.中性学说（the neutral theory）又称 中性突变的遗传漂变理论。 三个要点：a.生物发生的突变都是中性的；b.基因频率的变化都是由遗传漂变造成的；c.中性突变决定进化的速率。 2.TajimD检验(受选择区域的检验） a.在群体处于中性选择的情况下： D的期望值=0 b.Θw对低频突变更加敏感。所以当低频突变出现，Θw↑，意味着D值下降（小于0）
calculate TajimaD in perl
weixin_30906671的博客
03-09 282
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; =pod--------------------------------------- this perl script is used to compute tajima's D Former of tajimaD.tmp.txt is : chr position #sampled #derive...
重测序（WGS）-群体遗传
m0_55123273的博客
01-22 2706
概念遗传学上的群体，与生态学上的种群，是一个概念。指同一时间生活在一定自然区域内，同种生物的所有个体。种群中的个体并不是机械地集合在一起，而是彼此可以交配，并通过繁殖将各自的基因传给可育后代。
不同玉米自交系ZmNBS3基因多态性及进化分析
03-01
此外，研究者还进行了中性检验，包括Tajima’s D和Fu and Li’s D*检验。中性检验用于评估基因序列的变异是否符合中性进化模型，即无选择压力下的随机变异。检验结果不显著意味着ZmNBS3基因的LRR区域在进化过程中...
DnaSP v6 软件，超好用
12-27
包括单核苷酸多态性（SNPs）、插入/缺失（indels）等变异类型，进行多样性的统计计算，如遗传多样性指数（如He、Ho）、 Tajima's D等，这些指标对于理解种群的遗传结构和演化历史具有重要意义。 其次，软件内置的...
Tajima DGML By Pulse 14
10-12
波斯田岛的最新版14.5371（Tajima DGML By Pulse 14 crack），完全破解！
MEGA5.1.zip
01-19
在种群遗传学分析方面，MEGA5.1提供了种群结构分析、 Tajima's D测试等，这些分析可以帮助我们了解种群的遗传多样性和进化动态。 总的来说，MEGA5.1是一个强大的多用途软件，涵盖了分子演化遗传分析的主要方面。...
基于COI基因对混养缅甸蟒个体来源及遗传多样性分析.zip
10-16
通过比对这些序列，他们可以构建系统发育树，展示各个体间的亲缘关系，并使用统计方法计算遗传距离和遗传多样性指数，如核苷酸多样性（π）、汉密尔顿-Watterson估计（θ）和 Tajima's D等。 在分析混养缅甸蟒的...
群体遗传学-选择消除分析
hs6605015的博客
01-02 9398
所谓选择性清除：当一个有利突变发生后，这个突变基因的适合度越高，就越容易被选择固定。当这个基因被快速固定之后，与此基因座连锁的染色体区域，由于搭车效应也被固定下来，大片紧密连锁的染色体区域因此失去多态性，这种由于搭车效应引起多态性下降的现象，遗传上称为选择清除。
Fst指数
热门推荐
11-24 1万+
【转】Fst指数   转载自 http://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71513099 与 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ab0b3390102viol.html 群体遗传学--Fst指数，即群体间分化指数，用于群体间分化分析。 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种，最常
weixin286基于SSM框架的童装购买平台微信小程序+ssm.rar
最新发布
09-13
所有源码，都可正常运行
在Linux系统下如何计算Tajima'D
03-28
在Linux系统下，可以使用vcftools和bcftools计算Tajima'D。 1. 安装vcftools和bcftools vcftools和bcftools是常用的vcf文件处理工具，可以通过以下命令安装： ``` sudo apt-get install vcftools sudo apt-get install bcftools ``` 2. 将vcf文件转换为bcf格式 使用bcftools将vcf文件转换为bcf格式，命令如下： ``` bcftools view input.vcf -O b > output.bcf ``` 其中，input.vcf是输入的vcf文件名，output.bcf是输出的bcf文件名。 3. 计算Tajima'D 使用vcftools计算Tajima'D，命令如下： ``` vcftools --bcf input.bcf --TajimaD 10000 ``` 其中，input.bcf是输入的bcf文件名，--TajimaD参数指定计算Tajima'D，10000是指定滑动窗口大小。 计算完成后，会在当前目录下生成一个名为out.Tajima.D的文件，其中包含每个滑动窗口的Tajima'D值。
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