群体遗传学-选择消除分析

hs6605015

已于 2024-04-29 10:54:21 修改

阅读量9.4k

点赞数 6

文章标签： python 算法

于 2022-01-02 10:21:47 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/hs6605015/article/details/122273885

版权

选择消除分析用于研究基因组中受到选择而丧失多态性的区域，例如在驯化和适应性进化中。常见分析指标包括Ka/Ks、FST、π和Tajima's D。通过群体分化、群体多样性和中性进化分析，结合Fst、θπ、Tajima’s D等方法，可以定位受选择的基因，例如在驯化物种（如家猪、大豆）和适应性进化物种（如藏猪、毛果杨）中的关键基因。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、选择消除分析

所谓选择性清除：当一个有利突变发生后，这个突变基因的适合度越高，就越容易被选择固定。当这个基因被快速固定之后，与此基因座连锁的染色体区域，由于搭车效应也被固定下来，大片紧密连锁的染色体区域因此失去多态性，这种由于搭车效应引起多态性下降的现象，遗传上称为选择清除。

群体进化选择消除分析：简单的说就是基因组某区域由于受到了选择而消除多态性。选择消除分析是正向选择在物种基因组上留下的印迹。与野生祖先相比，栽培或驯化的物种发生选择消除的区域遗传多样性显著降低，这是驯化区域的典型特征。

下图可以形象的展示受选择后的结果。

在这里插入图片描述

选择消除分析可以做什么？

挖掘人工驯化过程中受选择的基因，如家猪与肉质相关的基因，大豆中与油含量相关的基因。
挖掘物种适应性进化中受选择的基因，如藏猪的高原适应性，毛果杨高低纬度气候适应性。

二、常见名词

A、Ka/Ks
The ratio of the number of nonsynonymous substitutions per nonsynonymous site (Ka) to the number of synonymous substitutions per synonymous site (Ks)。其中：
Ks = 同义突变SNP数/同义位点数，即同义突变率

Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数，即非同义突变率

Ka/Ks >> 1，基因受正选择(positive selection)

Ka/Ks ＝1，基因中性进化(neutral evolution)

Ka/Ks << 1，基因受纯化选择(purify selection)

用于计算Ka/Ks的软件：KaKs_Calculator、PAML、Hyphy、MEGA等。

B、FST
FST：遗传分化指数，取值范围是[0,1]，最大值为1表明两个群体完全分化，最小值为0表明群体间无分化。

在实际的研究中Fst值为0–0.05时说明群体间遗传分化很小，可以