#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT sample1 sample2 sample3
Chr1 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51 1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,.
1-based coordinate system :序列的第一个碱基设为数字1,如SAM,VCF,GFF,wiggle格式
0-based coordinate system :序列的第一个碱基设为数字0,如BAM, BCFv2, BED, PSL格式
BED:
包含左边,不包含右边。
chromStart Feature在chrom中的起始位置(前坐标),chrom的第一个碱基的坐标是0,chromStart如果等于2,其实表示的是第三个碱基,feature包含这个碱基
chromEnd feature在chrom中的终止位置(后坐标),chromEnd如果等于5,其实表示的是第六个碱基之前的碱基,feature不包含5这个碱基
VCF:
1. CHROM - chromosome:
2. POS - position:
3. ID - identifier: 如果call出来的