选择区域的检验tajimD

1.中性学说（the neutral theory）又称 中性突变的遗传漂变理论。

三个要点：a.生物发生的突变都是中性的；b.基因频率的变化都是由遗传漂变造成的；c.中性突变决定进化的速率。

2.TajimD检验(受选择区域的检验）

a.在群体处于中性选择的情况下： D的期望值=0

b.Θw对低频突变更加敏感。所以当低频突变出现，Θw↑，意味着D值下降（小于0）

D > 0 ,表明存在大量的中等频率的等位基因，这可能是由于群体瓶颈效应，群体结构，或者平衡选择引起的。

D < 0 ,明存在大量的低频等位基因位点，以下几种情况可能会导致 D 值为负 ：首先（负选择），当所研究的群体中产生有害突变时，这些突变将受到负向选择的 作用在群体中保持较低的频率，低比例的突变有所增加，导致 D 值为负。另外（正选择），当群体中一条等位基因受到强烈的正向选择作用时，其附近与之紧密 连锁的座位的上变异将伴随这条等位基因比例的升高而增加自身在群体中的比例，即选择搭载效应。搭载效应过后，中性突变的积累同样会造成额外 的低比例的变异。

解释：由于θw的计算不考虑分离位点的频率，只跟分离位点的数目有关，所以即使群体中存在大量的低频变异也会对θw产生很大影响。

    由于π计算的是群体中序列差异的平均值，因此π的大小跟变异频率有关 。