生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出来,却把握不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事,需要做好持久战的心理准备。
在学习时,我们都希望由浅入深的逐步深入,不断地练习和实践,这就是为什么我们需要一本书,因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史,如果想要一门程序设计的入门数据,每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书,就有些难了。本身生信跨领域,需要多学科的知识,而其内部又有不少分子,都囊括了太大,包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python,自学R,自学高通量测序;这些学习经历,之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西,觉得好简单,而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记,当时也只是为了自己看,到现在确实只有自己能看得懂,不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典,希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义,一是形式上的不同,摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥,而是有组织有计划的内容聚合,提供一系列的教程,由入门到提高。二是内容的不同,不去用网上现有教程的通用数据做例子,而是拿实际生物数据,讲述如何解释生信中普遍碰到的问题,讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时,我们回到了当年,在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白,从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手,直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷,是否难,而是是否必要。如果必要,再简单,也要提及;如果不必要,再炫酷,也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多,可以当做小说阅读,也可以跟着去练,反复几遍,每读一次都会有不同的收获和体会。
生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化,是生物、医学科研必备的技能之一。生信宝典精心组织生信学习系列教程、生信工具精品教程,通过大量的生信例子、关键的注释、浓缩的语句和录制的视频帮助快速掌握生信知识。
征稿:诚邀广大同行分享学习经验、心得体会、成果文章解读,即有利于交流和宣传,又提高自身的影响和文章的引用推广;欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。(诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑)
注:下面为往期文章目录集合,所有蓝字均为文章链接,点击阅读原文
教程合集
- 生信宝典-Linux教程.pdf (微信公众号后台回复 生信宝典福利第一波)
- 生信宝典Py3_course.pdf
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加拿大生信课程
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- Bioinformatics_for_Cancer_Genomics
- Informatics_on_High-Throughput_Sequencing_Data
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- Analysis_of_Metagenomic_Data
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Illumina测序应用手册
系列教程
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- 生物信息之程序学习
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- 该如何自学入门生物信息学
- 生信宝典视频教程
- 转录组分析的正确姿势
- 收藏 你想要的生信学习系列教程-宝典在手,生信无忧
- 生信的系列书籍
- 文章用图的修改和排版 (1)
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- 简单强大的在线绘图
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- 简单强大的在线绘图-第3版
- 论文图表基本规范
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- 数据可视化基本套路总结
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宏基因组分析专题
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- 3 组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4 基因注释Prokka
- 5 基于Kmer比较数据集sourmash
- 6 不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7 bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio
- 10 绘制圈图-Circos安装与使用
- MetaPhlAn2分析有参宏基因组
ChIP-seq专题
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Linux 全介绍
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- PATH和path,傻傻分不清
- Linux - 总目录
- Linux - 文件和目录
- Linux - 文件操作
- Linux - 文件内容操作
- Linux - 环境变量和可执行属性
- Linux - 管道、标准输入输出
- Linux - 命令运行监测和软件安装
- Linux - 常见错误和快捷操作
- Linux - 文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。
- Linux - 文件排序和FASTA文件操作
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- Linux - VIM的强大文本处理方法
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CIRCOS系列
R统计和作图
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- R语言 - 线图绘制
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- R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
- R语言 - 箱线图一步法
- R语言 - 火山图
- R语言 - 富集分析泡泡图
- R语言 - 散点图绘制
- R语言 - 韦恩图
- R语言 - 柱状图
- R语言 - 图形设置中英字体
- R语言 - 非参数法生存分析
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- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
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- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
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- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
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- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
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- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
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