文件夹下的多个sdf文件批量转化为csv

这个代码适合这种形式的文件读取,每个以蛋白质命名的文件夹下面有对应的药物分子sdf和蛋白质pdb文件:

在这里插入图片描述在这里插入图片描述

import sys
import torch
import os
from rdkit import Chem
from pathlib import Path
import glob
import csv
import ast
from ast import literal_eval
file  = os.listdir('./PDBbind_v2020_refined/refined-set/') #总文件夹

list=[]
n=0
f=open('out1.csv','w')
wr=csv.writer(f)
for name in file:
    path=os.path.join("./PDBbind_v2020_refined/refined-set/",name)
    files=glob.glob(os.path.join(path, "*.sdf"))
    row_str = '\t'.join([str(x) for x in files])
    mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier(row_str,sanitize=False) ]
    for mol in mols:
        smi = Chem.MolToSmiles(mol)
        list.append(smi)
        
for i in range(len(list)):   
    wr.writerows([[list[i]]]) 
f.close()

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