总文件夹下含有多个sdf，批量转换为SMILES并保存到csv中

本代码适用于这种结构的文件，主要还是SDMolSupplier的参数要转化为str类型，并且只能一个一个的转化。

import sys
import torch
import os
from rdkit import Chem
from pathlib import Path
import glob
import csv
file  = os.listdir('../gzfileall/')##总文件夹
names=[]
list=[]
n=0
f=open('./test_ligand.csv','w')
wr=csv.writer(f)
for name in file:##gzfileall下面有个gzfile1文件，取出这个文件下面的所有sdf文件保存到files列表中
    names.append(name)

    path=os.path.join("../gzfileall/",name)

    files=glob.glob(os.path.join(path, "*.sdf"))
    print('files:',files)


for x in files:
    
    row_str = '\t'.join([str(x)])
    print('row_str:',type(row_str))
    mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier(row_str,sanitize=False) ]
    for mol in mols:
        smi = Chem.MolToSmiles(mol)
        list.append(smi)


for i in range(len(list)):   
    wr.writerows([[list[i]]]) 
f.close()