一、下载R.I.N.G.S.程序包
进入R.I.N.G.S.程序包的官网:
下载相应版本的R.I.N.G.S.程序包。其对应可视化工具OpenDX也可同时下载,已便可可视化分析结果!
二、R.I.N.G.S.程序包解包
上传rings-code-v1.3.3.tar.bz2或rings-code-v1.3.3.tar.gz至Linux系统,下面已Red Hat 7 Linux系统为例。
解包:
bz:[qium@node101 ~/]$ tar -jxf rings-code-v1.3.3.tar.bz2
gz: [qium@node101 ~/]$ tar -zxf rings-code-v1.3.3.tar.gz
三、安装
1. rings-code的安装分为单机版与并行版两种,首先进入rings-code目录,对于单机版本安装,其安装过程如下:
单机版:
[qium@node101 rings-code]$ ./configure --without-mpi [ FC = ifort ] [ --prefix=/home/qium/RINGS ]
并行版:
[qium@node101 rings-code]$ ./configure --with-mpi MPIFC=mpif90 [ LDFLAGS=-I/xxxxx/ ] [ FC = ifort ] [ --prefix=/home/qium/RINGS ]
默认FC = gfortran
2. make
3. make install //如果没有指定安装目录,产生的rings将放在/usr/bin/rings里,这需要root用户权限
至此,R.I.N.G.S.程序包已安装成功。然而要正确的运行该程序,需要严格输入文件与选项文件。
要正确运行rings程序,需要 二个文件(input和options),一个目(data)。
附:输入文件(input)
R.I.N.G.S.程序包是多接口的程序包,可以处理S.I.E.S.T.A. single 'multiple xyz' file
FIREBALL multiple 'msf' files C.P.M.D. single 'trajectory' file
V.A.S.P. single 'xdatcar' file P.D.B. single 'PDB - Protein Data Bank' file
#######################################
# R.I.N.G.S. input file #
#######################################
(1) GeS2-glass # 体系名称
(2) 258 # 总原子数(如果是XDATCAR,是指POSCAR中的原子数目)
(3) 2 # 原子类型数目
(4) Ge S # 相应的元素符号(与POSCAR中的相同)
(5) 1000 # MD中所包含的结构数目
(6) 1 # POSCAR中第二行的中因子
19.209999 0 0 # x11 y12 z13
(7) 0 19.209999 0 # POSCAR中a,b,c三维坐标: x21 y22 z23
0 0 19.209999 # x31 y32 z33
(8) 2.5 # 多少个时间步进行积分
(9) ANI # 结构来自哪个软件:SIESTA:ANI VASP:VAS FIREBALL:MSF CPMD:TRJ PDB:PDB
(10) ges2.xyz # 要读入的文件名:VASP:XDATCAR SIESTA:*.xyz
(11) 200 # gr 实空间离散化
(12) 500 # S(q)倒易空间离散化
(13) 25 # S(q)倒易空间知的最大模量
(14) 0.125 # S(g)平滑因子
(15) 90 # 角度离散化 0-180度
(16) 20 # 环统计的离散化
(17) 10 # 环统计最大深度/2 最小值2
(18) 15 # 链统计最大深度
#######################################
Ge Ge 4.50 # gr截断半径 元素1 元2 截断半径
(19) S S 4.70 # gr截断半径
Ge S 2.30 # gr截断半径
(20) Grtot 2.60 # gr总截断半径
#######################################
以上每个参数均是不可缺少的,其文件名必须为:input
选项文件(options):
#######################################
R.I.N.G.S. options file #
#######################################
(1) PBC .true. #
(2) Frac .false. #
(3) g(r) .false. #
(4) S(q) .false. #
(5) S(k) .false. #
(6) gfft(r) .false. #
(7) MSD .false. #
(8) atMSD .false. #
(9) Bonds .true. #
(10) Angles .false. #
(11) Chains .true. #
----- ! Chain statistics options ! -----
(12) Species 0 #
(13) AAAA .false. #
(14) ABAB .false. #
(15) 1221 .false. #
---------------------------------------
(16) Rings .true. #
----- ! Ring statistics options ! -----
(17) Species 0 #
(18) ABAB .false. #
(19) Rings0 .false. #
(20) Rings1 .false. #
(21) Rings2 .false. #
(22) Rings3 .true. #
(23) Rings4 .true. #
(24) Prim_Rings .true. #
(25) Str_Rings .false. #
(26) BarycRings .false. #
(27) Prop-1 .false. #
(28) Prop-2 .false. #
(29) Prop-3 .false. #
(30) Prop-4 .false. #
(31) Prop-5 .false. #
---------------------------------------
(32) Vacuum .false. #
#######################################
Outputting options #
#######################################
(33) Evol .false. #
(34) Dxout .false. #
-- ! OpenDX visualization options ! --
(35) RadOut .false. #
(36) RingsOut .false. #
(37) DRngOut .false. #
(38) VoidsOut .false. #
(39) TetraOut .false. #
(40) TrajOut .false. #
---------------------------------------
(41) Output my-output.out #
#######################################
选项文件中的ture或false,表示是否分析、计算或输出相应的项目,其中只有Output表示输出的文件名,
该选项是可修改的。但所有41个参数是必不可少的,否则rings报错。此外,选项文件的名称必须为:option。
除了上述两个文件,还需要一个目录:data,该目录里面存放的文件是SIESTA,VASP(XDATCAR),CMPD
和PDB 的输出文件。当前目录中有input,options两个文件和一个data目录后,rings程序即可正确运行!