计算化学结果分析程序的安装之R.I.N.G.S.程序包

一、下载R.I.N.G.S.程序包

进入R.I.N.G.S.程序包的官网：

http://rings-code.sourceforge.net/index.php?option=com_content&view=category&layout=blog&id=34&Itemid=57

下载相应版本的R.I.N.G.S.程序包。其对应可视化工具OpenDX也可同时下载，已便可可视化分析结果！

二、R.I.N.G.S.程序包解包

上传rings-code-v1.3.3.tar.bz2或rings-code-v1.3.3.tar.gz至Linux系统，下面已Red Hat 7 Linux系统为例。

解包：

bz：[qium@node101 ~/]$ tar -jxf rings-code-v1.3.3.tar.bz2

gz： [qium@node101 ~/]$ tar -zxf rings-code-v1.3.3.tar.gz

三、安装

1. rings-code的安装分为单机版与并行版两种，首先进入rings-code目录，对于单机版本安装，其安装过程如下：

单机版：

[qium@node101 rings-code]$ ./configure  --without-mpi [ FC = ifort ] [ --prefix=/home/qium/RINGS ]

并行版：

[qium@node101 rings-code]$ ./configure  --with-mpi MPIFC=mpif90  [ LDFLAGS=-I/xxxxx/ ] [ FC = ifort ] [ --prefix=/home/qium/RINGS ]

默认FC = gfortran 

2. make

3. make install  //如果没有指定安装目录，产生的rings将放在/usr/bin/rings里，这需要root用户权限

至此，R.I.N.G.S.程序包已安装成功。然而要正确的运行该程序，需要严格输入文件与选项文件。

要正确运行rings程序，需要 二个文件(input和options)，一个目(data)。

附：输入文件(input)

R.I.N.G.S.程序包是多接口的程序包，可以处理S.I.E.S.T.A. single 'multiple xyz' file
                 FIREBALL multiple 'msf' files             C.P.M.D. single 'trajectory' file
                 V.A.S.P. single 'xdatcar' file                P.D.B. single 'PDB - Protein Data Bank' file

 

      #######################################
      #       R.I.N.G.S. input file         #
      #######################################
  (1) GeS2-glass                            #    体系名称
  (2) 258                                   #    总原子数(如果是XDATCAR，是指POSCAR中的原子数目)
  (3) 2                                     #    原子类型数目
  (4) Ge  S                                 #    相应的元素符号(与POSCAR中的相同)
  (5) 1000                                  #    MD中所包含的结构数目
  (6) 1                                     #    POSCAR中第二行的中因子
      19.209999 0 0                         #                             x11   y12   z13
  (7) 0 19.209999 0                         #    POSCAR中a，b，c三维坐标： x21   y22   z23
      0 0 19.209999                         #                             x31   y32   z33
  (8) 2.5                                   #    多少个时间步进行积分
  (9) ANI                                   #    结构来自哪个软件：SIESTA:ANI VASP:VAS FIREBALL:MSF CPMD:TRJ PDB:PDB 
 (10) ges2.xyz                              #    要读入的文件名：VASP:XDATCAR SIESTA:*.xyz 
 (11) 200                                   #    gr 实空间离散化
 (12) 500                                   #    S(q)倒易空间离散化
 (13) 25                                    #    S(q)倒易空间知的最大模量
 (14) 0.125                                 #    S(g)平滑因子
 (15) 90                                    #    角度离散化  0-180度
 (16) 20                                    #    环统计的离散化
 (17) 10                                    #    环统计最大深度/2  最小值2
 (18) 15                                    #    链统计最大深度
      #######################################
      Ge Ge   4.50                          #    gr截断半径   元素1 元2 截断半径
 (19) S S     4.70                          #    gr截断半径
      Ge S    2.30                          #    gr截断半径
 (20) Grtot   2.60                          #    gr总截断半径
      #######################################
以上每个参数均是不可缺少的，其文件名必须为：input

选项文件(options)：
    #######################################
            R.I.N.G.S. options file       #
    #######################################
 (1) PBC             .true.               #
 (2) Frac            .false.              #
 (3) g(r)            .false.              #
 (4) S(q)            .false.              #
 (5) S(k)            .false.              #
 (6) gfft(r)         .false.              #
 (7) MSD             .false.              #
 (8) atMSD           .false.              #
 (9) Bonds           .true.               #
(10) Angles          .false.              #
(11) Chains          .true.               #
   ----- ! Chain statistics options ! -----
(12) Species           0                  #
(13) AAAA            .false.              #
(14) ABAB            .false.              #
(15) 1221            .false.              #
    ---------------------------------------
(16) Rings           .true.               #
   ----- ! Ring statistics options ! -----
(17) Species           0                  #
(18) ABAB            .false.              #
(19) Rings0          .false.              #
(20) Rings1          .false.              #
(21) Rings2          .false.              #
(22) Rings3          .true.               #
(23) Rings4          .true.               #
(24) Prim_Rings      .true.               #
(25) Str_Rings       .false.              #
(26) BarycRings      .false.              #
(27) Prop-1          .false.              #
(28) Prop-2          .false.              #
(29) Prop-3          .false.              #
(30) Prop-4          .false.              #
(31) Prop-5          .false.              #
    ---------------------------------------
(32) Vacuum          .false.              #
    #######################################
             Outputting options           #
    #######################################
(33) Evol            .false.              #
(34) Dxout           .false.              #
 -- ! OpenDX visualization options !  --
(35) RadOut          .false.              #
(36) RingsOut        .false.              #
(37) DRngOut         .false.              #
(38) VoidsOut        .false.              #
(39) TetraOut        .false.              #
(40) TrajOut         .false.              #
 --------------------------------------- 
(41) Output        my-output.out          #
    ####################################### 
    选项文件中的ture或false，表示是否分析、计算或输出相应的项目，其中只有Output表示输出的文件名，
该选项是可修改的。但所有41个参数是必不可少的，否则rings报错。此外，选项文件的名称必须为：option。
    除了上述两个文件，还需要一个目录：data，该目录里面存放的文件是SIESTA，VASP（XDATCAR），CMPD
和PDB 的输出文件。当前目录中有input,options两个文件和一个data目录后，rings程序即可正确运行！