lammps输出MSD（均方根位移）详解及示例教程

最新推荐文章于 2024-07-01 22:53:50 发布
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[lammps第十五讲]lammps输出MSD（均方根位移）详解及示例教程

原创 一直陪着你的 LAMMPS交流站 2021-10-23 11:45

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   大家好，前面小编讲解了一期RDF（径向分布函数）的详解及LAMMPS输出过程，就有很多小伙伴问到小编MSD的LAMMPS输出过程，所以本期小编本期介绍下MSD（均方根位移）的输出办法，小编就把自己学到的在这里跟大家分享，也算是小编学习过程中的一个笔记。

   本教程也是小编自己整理，不足之处请各位指出，希望能给读者提供一定的帮助，同时希望专业前辈提出不足，小编会和大家共同学习。

  

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MSD介绍

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LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数。且LAMMPS有良好的并行扩展性。 一般特点 支持并行计算 分布式内存MPI spatial-decomposition of simulation domain for parallelism LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到
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这个有需要的，自己下载吧，我主要是为了赚点积分下东西，嗯，谅解
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PyLammps是 LAMMPS 的 Python 包装类，可以单独创建或使用现有的lammps Python 对象。与使用 Python ctypes 编写的 C 风格 LAMMPS 库接口的lammps包装器相比，它为常见的 LAMMPS 功能创建了一个更简单、更“Pythonic”的接口。使用 Python 与 LAMMPS 文档页面讨论了lammps包装器。与扁平的ctypes界面不同，PyLammps 公开了一个可发现的 API。它不再需要了解底层 C++ 代码实现的知识。
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Kehl，一种快速（无循环）计算 MSD 的方法：Kehl 计算均方位移 (MSD)，无循环。 完全矢量化的代码。-matlab开发
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MSD是在一定时间间隔内的位移的量度，例如用于分析轨迹并判断其是弹道的，扩散的，次扩散的等。 为了计算 MSD，需要考虑轨迹内所有可能的时间间隔。 最简单的方法是使用嵌套循环： 第一个循环在时间点上运行，另一个循环在每个时间点的可能间隔上运行。 那些嵌套循环是快速计算的噩梦，尤其是对于长轨迹。 Kehl 抑制循环，并一次计算所有平方距离，然后对它们进行排序和平均。
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5种方法计算均方根位移MSD（1）lammps计算（2）VMD计算（3）OVITO计算（4）ISAACS软件计算（5）自编程计算 在统计力学中，均方位移（MSD，均方位移或均方波动）是粒子随时间移动后的位置相对于参考位置的偏差的量度。它是随机运动中空间范围的最常见度量，可以被认为是对随机行者“探索”的系统部分进行度量。在生物物理学和环境工程领域，均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散，或者对流力是否也在起作用。
lammps输出生成模型的轮廓提取
05-09
LAMMPS是一款应用广泛的计算分子动力学软件，它可以通过模拟分子间的相互作用，模拟各种物理化学现象，如材料的力学性能、催化性能、热力学性质等。在LAMMPS中，可以通过使用dump命令将模拟的体系输出为.xyz或.lammpstrj等格式的文件。 对于输出的模型文件，提取其轮廓信息是十分必要的。轮廓信息反映了模型的形貌，包括形状、曲率、表面面积等，对于材料科学研究和工程设计具有十分重要的意义。 在LAMMPS中，可以使用VMD等软件对输出的模型文件进行轮廓提取，以下是具体步骤： 1. 将LAMMPS输出的模型文件（如.xyz或.lammpstrj）导入到VMD软件中。 2. 使用VMD的“New Molecule”功能打开模型文件，并选择“Graphics”面板中的“New Representation”。 3. 在“Representation”对话框中，选择“VDW”，并在“Drawing Method”栏中选择“3D Surface”，然后点击“Create Rep”。 4. 出现3D表面图后，右键点击3D表面图，选择“Graphics” > “Materials Browser”。 5. 在“Materials Browser”里，可以设置3D表面图的表面类型、镜面反射率、粗糙度等参数。 6. 在完成3D表面图的设置后，可以通过“File” > “Export Scene”来将其导出为各种格式的文件，如.obj、.stl等。 以上就是在LAMMPS中提取模型轮廓的方法，需要注意的是，在提取模型轮廓时，还需要考虑到模拟精度、网格划分等因素，以保证提取的轮廓信息准确可靠。
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