后面发现运行train的时候,还是tf2版本不兼容问题,tf真不友好。还是pytorch。只能用作者的docker了。看我后面docker的坑
最近在做单细胞数据增强对比方法:GAN经典文章,scGAN,cscGAN;原版,python3.5;TensorFlow1.0;w我现在都Python3.9;tf已经用2.0怎么修改,记录过程。
1.有TensorFlow引用包的地方都修改如下。
import tensorflow.compat.v1 as tf
tf.compat.v1.disable_eager_execution()
2.安装他给的包,但是我已经安装最新版的pandas,numpy; scanpy(注scanpy不能用作者的,否则里面的umap包对应的方法会错误)
3.安装MulticoreTSNE==0.1包的时候,需要注意先安装pip install cmake=3.18.4
4.使用过程中pands错误,DataFrame中的set_values()错误,网上说用.at[]代替。都会报错。需要把set_values()修改为_set_values()血泪史呀
5. louvain安装不上他的老包。直接安装最新的包即可。
数据预处理:当然得先用他的–process过程了。载入原始数据。需要生成他对应的预处理数据,如TF—_records文件夹,你才能训练–train
运行main.py如下处理过程。