基于碎片的改进，全基因组测序所用的起始DNA必须小于100个哺乳动物细胞

Improved tagmentation-based whole-genome bisulfite sequencing for input DNA from less than 100 mammalian cells
http://www.futuremedicine.com/doi/full/10.2217/epi.14.76

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研究对象：T-WBGS
期刊：Future Medicine
发表时间：2015年2月

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摘要

Aim: To develop a whole-genome methylation sequencing method that fulfills the needs for studies using ultra-low-input DNA.
Materials & methods: The tagmentation-based whole-genome bisulfite sequencing (T-WGBS) technology is modified, enabling stable library construction with complexity from minimally 0.5 ng of initial genomic DNA, which equals less than 100 mammalian cells.
Results: We thoroughly assessed the performance of this T-WGBS method by sequencing the methylomes of a rice strain and pre-implantation embryos of rhesus monkey and compare to traditional WGBS approach, thereby demonstrating the efficacy of this new approach.
Conclusion: This new approach is highly attractive for the complete methylome analysis of very few cells, for example, mammalian pre-implantation embryos, or tiny human biopsy specimens.

关键词

DNA甲基化；T-WBGS；Tn5 转座酶;WBGS

研究背景

建立一种利用超低输入DNA进行全基因组甲基化测序的方法。

研究结果

1、对T-WGBS的修改

表一：基于碎片的修改，全基因组测序的方法。

2、改进的T-WBGS的测序数据的质量控制
我们排除了12bp的甲基化分析 ，实现合理的可接受的数据质量。
3、改进的T-WBGS重复性的评估
通过评估说明我们的改进的T-WBGS方法是可行的，在超低输入DNA进行全基因组甲基化测序。

表二：基于碎片的修改，全基因组测序的方法的评估。

4、技术性能的评估，通过比较基于化学WBGS的结扎
改进的T-WBGS揭示了高度一致性的技术性能。
5、新的T-WBGS功效在水稻甲基化的特征
新的T-WBGS被证明是有效的。
6、局限和未来的前景
由于降低了 重亚硫酸盐的转化率，在非CG位点降低了测量MC水平的敏感度，是一个局限约束了他的应用。我们认为这些方法包括新的改进的T-WBGS技术的应用将会扩大我们对关键的表观遗传的认识在各种各样的生物学进程中。

总结

这种新方法对于非常少的细胞完全甲基化分析是极具吸引力的，例如，哺乳动物植入胚胎或者微小人体活检标本。