经过亚硫酸氢液处理的杂交捕获的测序数据的全面分析

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版权

Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach

研究对象：人
期刊：CLINICAL EPIGENETICS
发表时间：2015年

摘要
Epigenetic alterations, such as aberrant DNA methylation of promoter and enhancer regions, which lead to atypical gene expression, have been associated with carcinogenesis. In hepatocellular carcinoma (HCC), genome-wide analysis of methylation has only recently been used. For a better understanding of hepatocarcinogenesis, we applied an even higher resolution analysis of the promoter methylome to identify previously unknown regions and genes differentially methylated in HCC. Optimized liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing (LHC-BS) was developed to quantitatively

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马踏飞燕Beautiful
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BS脚本：用于分析亚硫酸氢盐测序数据的脚本
02-16
BS脚本 分析亚硫酸氢盐测序数据的脚本
P3BSseq:并行处理流水线，用于分析亚硫酸氢盐测序数据-开源
04-29
亚硫酸氢盐测序（BSseq）处理是最繁琐的下一代测序（NGS）应用程序之一。 尽管可以使用某些BSseq处理工具，但它们分散，需要令人费解的参数并且对运行时间和内存使用有严格的要求。 我们已经开发了P3BSseq，这是一个并行处理管道，可快速，准确和自动地分析BSseq读数，以修整，对齐，标注，记录中间结果，执行亚硫酸氢盐转化质量评估，生成BED甲基化组和报告文件（遵循NIH标准）。 在运行时间，计算机硬件要求方面，P3BSseq优于已知的BSseq映射器。 我们针对定向和非定向文库，以及全基因组和精简表示法BSseq的单端和双端读取，优化了P3BSseq参数。 P3BSseq是用于BSseq上游分析的用户友好型简化解决方案，仅需要基本的计算机和NGS知识。
nomeplot:NOMePlot-用于分析NOMe和亚硫酸氢盐数据的Web工具
05-26
NOMePlot-用于分析NOMe和亚硫酸氢盐数据的Web工具 NOMePlot是一个网络工具，可帮助分析使用Sanger或高通量测序（NOMe-PCR，NOMe-seq，BS-PCR和BS-seq）生成的核小体占有率和甲基化（NOMe）和亚硫酸氢盐（BS）测序数据。 此Web应用程序易于使用，并且不需要生物信息学技能。 用于Sanger测序分析的输入序列必须以fasta格式提供，而用于高通量测序的输入数据必须作为bam文件提供。 用户界面是不言自明的。 NOMePlot已使用R / Bioconductor软件包和Shiny开发。 本地安装的源代码可从GitHub获得。 NOMePlot在GNU通用公共许可证版本3下运行。 引用NOMePlot Requena F，Asenjo HG，Barturen G，Martorell-MarugánJ，Carmona-SáezP和Davi
aaRon:我每天在分析各种下一代测序数据时使用的 R 函数包，特别是全基因组亚硫酸氢盐测序
06-09
阿龙 我每天在分析各种下一代测序数据时使用的一组 R 函数，特别是全基因组亚硫酸氢盐测序。 安装 从 github 获取当前的开发版本： # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " astatham/aaRon " ) 小插曲 待办事项 为甲基化计数和比率表创建 S4 类 为每个函数添加工作示例 创建示例用例的其他小插曲 特拉维斯
TaBS-Pipe:靶向亚硫酸氢盐测序数据分析流水线 v1.0.2-开源
06-28
通过离子洪流平台分析从靶向亚硫酸氢盐测序获得的数据的管道。 TaBSAP 是一种将亚硫酸氢盐处理的测序读数映射到感兴趣的基因组并在一个步骤中执行甲基化调用的管道，使研究人员能够立即分析其样本的甲基化水平。 它的主要特点是： - 一个步骤中的亚硫酸氢盐映射和甲基化调用 - 支持单端读取比对 - 比对种子长度、错配数量等是可调的 - 输出提供带有类别的热图。
AmpliMethProfiler:亚硫酸氢盐测序扩增子的CpG甲基化分析-开源
05-27
ampliMethProfiler工具提供了一种简便且用户友好的方法，可以从目标亚硫酸氢盐测序实验中提取和分析读码的表位型组成。 具体而言，ampliMethProfiler提供了一种简便且用户友好的方法，可以从目标亚硫酸氢盐测序实验中提取和分析读数的等位基因组成。 ampliMethProfiler用python语言编写，并且需要在本地安装BLAST和QIIME工具。 它可以在Linux和OS X平台上运行。 如何引用我们：“ ampliMethProfiler：用于分析目标深亚硫酸氢盐测序扩增子的CpG甲基化图谱的管道”。 Scala G.等。 BMC生物信息学（2016）17：484，DOI：10.1186 / s12859-016-1380-3
各种bam文件统计质量值的软件
Cassiel60的博客
04-04 7336
1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool 对bam文件进行统计 安装bamdst https://github.com/shiquan/bamdst git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git cd bamdst make make后直接help后，查看用法，有时候可能会提示bamdst不存在，本来已经存在...
【一起学生信】bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率
自由 平等~忠诚 奉献
01-02 1万+
bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率是在基因组测序分析中经常用到的操作，之前也用过python、perl实现过但是速度比较慢，今天偶然发现了一个软件bamdst（https://github.com/shiquan/bamdst)， 采用c语言编写，速度快，分析的类型也比较多，涉及到了mapping统计、靶向捕获统计、flanking区域统计、深度覆盖统计等。用起来比较方便，具体使用可以参考git
NGS 测序深度和覆盖度—Depth、Coverage
鬼话
09-12 1万+
覆盖度（Coverage）：测序获得的序列占整个基因组的比例。即基因组上至少被检测到一次的区域，占整个基因组的比例。一般为「百分比」深度（Depth）：一般用1× 、2×、3×……表示。测序的得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，即基因组中每个碱基被测到的平均次数，简而言之，测序的数据量比上参考基因组或者转录组的值。PS：这两个概念在很多文章中的表述都不一样，具体要根据描述，是哪种概念如图所示，两个概念在两个“维度”，描述了测序的情况（横向：覆盖度Coverage；纵向：深度Depth）
bam文件测序深度统计-bamdst
agpjs0257的博客
09-06 2668
　　最近接触的数据都是靶向测序，或者全外测序的数据。对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环。 　　以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后，用perl来进行深度及捕获效率的计算。今天无意中看到了bamdst（https://github.com/shiquan/bamdst）这个软件，用起来也很方便，参考GitHub，在此记录使用方法。...
signature=39b3b2405248821087c1f72c69db03f3,SYSTEMS AND METHODS FOR BIODOSIMETRY WITH BIOCHIP USING G...
weixin_35544512的博客
05-30 5055
CROSS-REFERENCE TO RELATED APPLICATIONSThis application claims priority from U.S. Provisional Application Ser. No. 60/840,245 filed on Aug. 25, 2006; U.S. Provisional Application Ser. No. 60/942,090 f...
Disposable microfluidic devices: fabrication, function, and application Gina S. Fiorini and Daniel T
weixin_33744854的博客
06-24 562
Disposable microfluidic devices: fabrication, function, and application Gina S. Fiorini and Daniel T. Chiu   BioTechniques 38:429-446 (March 2005)   This review article describes recent devel...
全外显子捕获测序的杂交和封闭原理
ncyujijian的博客
07-09 1万+
做外显子捕获测序实验时，会用到Cot DNA，blocker(封闭接头序列)，探针（DNA/RNA均可），链霉素磁珠等，它们具体起什么作用呢？下面，我们就来聊聊这个问题。 就实验原理来讲，外显子捕获测序的基本流程是：1.先对各个样品独立构建常规测序文库；2：等摩尔比例混合各个待杂交的文库；3：在杂交缓冲液体系内加入文库、杂交探针、Cot DNA、Blocker等；4.加入链霉素磁珠抓取杂交复合状态DNA；5：在洗脱缓冲液中洗脱目标文库，并扩增。 下图是正常建好的文库示意图。 大家都知道，DNA是双链互补配
多线程拆分bam文件
浮生终有醒
06-01 5200
#!perl use warnings; #use strict; use threads; use Thread::Semaphore; use File::Basename qw(basename); die "perl $0 \n" if @ARGV != 2; my $semaphore = Thread::Semaphore->new($ARGV[1]); my $id = bas
bam（sam）格式文件转化为fasta格式
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Cassiel60的博客
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bam2fasta的转变方式： samtools view input.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fasta sam2fasta的转变方式 cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta 查看bam文件 samtool
基因组数据注释常用的文件-Bed文件和GFF文件
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02-05 1万+
原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_80572f5d0102x5m7.html genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。 Bed文件和GFF文件
Sambamba: process your BAM data faster!
xxxxx
03-25 5344
Sambamba: process your BAM data faster!　　对于很大的(>100G)的bam文件，排序时间很慢不说，往往需要1天或更多的时间，但结果还会出错。如下边的错误. 经测试Sambamba表现较好，能够节省很多时间。随着接触的数据越来越多，感觉很简单的事情也需要花很多时间。不仅仅是数据多了的问题！[bam_sort_core] merging from 3288 fil
聚类算法实现与分析
liuheng0111的博客
08-28 9498
聚类算法实现与分析 机器学习的常用方法，主要分为有监督学习和无监督学习。监督学习，就是人们常说的分类，通过已有的训练样本（即已知数据以及其对应的输出）去训练得到一个最优模型（这个模型属于某个函数的集合，最优则表示在某个评价准则下是最佳的），再利用这个模型将所有的输入映射为相应的输出，对输出进行简单的判断从而实现分类的目的，也就具有了对未知数据进行分类的能力。 监督学习里典型的例子就是KNN、S
杂交测序(SBH)
深未来技术
12-29 786
 1、对于一个长度为n的字符串s,s的l-元组组成s的谱，是s的n-l+1个-元组的多重集，记为Spectrum(s,l)。2、根据一个字符串的l-元组组成重构这个字符串。输入：一个集合S，代表来自一个字符串S的所有l-元组。输出：字符串s，使得Spectrum(s,l)=S3、SBH问题归结为欧拉路问题是建立一张图，其边-而不是顶点-对应于Spectrum中的l-元组。
请推导出H2SO3的形态分布？
最新发布
06-12
H2SO3（亚硫酸）在水溶液中会部分离解为H+和HSO3-，其离解反应如下所示： H2SO3 ⇌ H+ + HSO3- 在一定条件下，亚硫酸可以进一步转化为硫酸和二氧化硫，其反应如下所示： 2HSO3- + O2 ⇌ 2SO42- + H2O 2HSO3- ⇌ H2O + SO2 + 2H+ 因此，在水溶液中，亚硫酸的形态分布主要包括亚硫酸分子、亚硫酸根离子（HSO3-）、硫酸根离子（SO42-）和二氧化硫（SO2）等。其中，亚硫酸分子和亚硫酸根离子的浓度最高，而硫酸根离子和二氧化硫的浓度较低。 需要注意的是，亚硫酸在水中的离解程度受到pH值、温度、氧气浓度等因素的影响，这也会对其形态分布产生影响。

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