NGS数据格式梳理01-FASTQ格式和FASTA格式详解

• 本文介绍高通量测序（NGS）中FASTQ文件命名规则、FASTQ格式、FASTA格式、测序质量。
• 写作时间：2020.05。
• 

本文将了解到什么？

FASTQ文件命名规则

FASTQ格式

第一行，Sequence identifier

第二行，Sequence

第三行，Quality score identifier line (consisting only of a +)

第四行，Quality score，测序质量值

质量值几个需要详细了解的点

1）该位置ASCII码怎么来的？

2）质量体系值怎么来的，怎么选？

3）为何FASTQ中该列不直接使用Q值表示质量值？

4）为何要用质量值加上质量体系值？

FASTQ传输完整性校验

FASTA格式

第一行：序列描述信息

第二行：序列数据

参考资料

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FASTQ和FASTA是存储DNA序列及对应质量信息最常使用的文本文件，本文介绍Illumina平台FASTQ文件命名规则，详细格式和传输完整性校验，及FASTA格式。

• FASTQ文件命名规则

Illumina测序仪下机FASTQ命名为（NextSeq CN500下机数据为bcl格式，经过bcl2fastq转化后名称类似），例如：

Samplexx_S53_L002_R1_001.fastq.gz