输入文件1:背景fasta文件
输入文件2:目标序列id,以单列的形式
如:
seq1
seq2
seq3
下面是代码原文
import sys,re
def displayfq_f(f):
dickf = {}
for i in f:
if re.match(">",i):
dickf[i]=""
flag = i
else:
dickf[flag] = dickf[flag]+i
return dickf
f = open(sys.argv[1],"r")
f_list = open(sys.argv[2],"r")
dickf = displayfq_f(f)
for i in f_list:
i = i.strip()
for j in dickf.keys():
if re.match(">"+i,j):
print(j,end="")
print(dickf[j])
f.close()
f_list.close()
打印的结果,所以使用的时候记得定向输出