报错处理 ITK only supports orthonormal direction cosines. No orthonormal definition found

在使用SimpleITK处理MRI医学图像数据的时候遇到了以下问题：

  File "d:\PythonProgramme\GenerateDatasetTxt\xx.py", line 12, in <module>
    img = sitk.ReadImage("0000264276/T2.nii.gz")
  File "D:\Program Files\Anaconda3\envs\simpleitk\lib\site-packages\SimpleITK\extra.py", line 346, in ReadImage
    return reader.Execute()
  File "D:\Program Files\Anaconda3\envs\simpleitk\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py", line 8015, in Execute
    return _SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: C:\Miniconda\envs\bld\conda-bld\work\b\ITK\Modules\IO\NIFTI\src\itkNiftiImageIO.cxx:1980:
ITK ERROR: ITK only supports orthonormal direction cosines.  No orthonormal definition found!

简单翻译过来是 “ITK只支持标准正交方向。没有找到标准正交定义!”，这是一个发生在读取数据的错误，直接第一步扼杀你想处理数据的欲望。

这里先说一下解决方案，

方案一：
将SimpleITK的版本转换至2.0.2
但如果你使用ANTsPy这种内置ITK的库对数据进行处理，就没办法通过切换版本解决了。

方案二：
使用nibabel库，读取nii数据的qform信息和sform信息，然后再将这些信息写回数据，并保存一份新的数据，然后就可以对新保存的数据进行SimpleITK或ANTsPy的读取了。
以下是处理代码，非常简单，甚至有点傻。

import nibabel as nib
img = nib.load("xxxxx.nii.gz")
qform = img.get_qform()
img.set_qform(qform)
sfrom = img.get_sform()
img.set_sform(sfrom)
nib.save(img, "xxxxx.nii.gz")

方案一是网上给出的一个解决方案，而方案二由本人自己摸索，这里简单的描述一下方案二的摸索过程，并不高深。

首先

首先一个最直接想法就是：找到源码的报错位置C:\Miniconda\envs\bld\conda-bld\work\b\ITK\Modules\IO\NIFTI\src\itkNiftiImageIO.cxx，直接把这个相关报错的代码删了。
可惜我的电脑不存在这个路劲，而且是cxx文件，大概是c语言的代码，经过cython还是什么其他的过程编译成了无法修改代码的形式。

然后

那就只好去网上的官方github上看看源码，看看触发错误的条件，将数据处理成不会触发错误的形式。
这是源码网址，相关报错代码在第1980行

往上看，从1789行到1981行的代码都与报错代码处于同一个函数NiftiImageIO::SetImageIOOrientationFromNIfTI下

妄想看懂这么多代码不现实，本人水平有限，但可以确定的是函数内有大量关于qform和sform的判断语句，我截选了一些，如下所示（觉得不适可以忽视）：




总的来说，如果这些判断一个都不符合，就无法跳出该函数从而“触碰”到最后的报错代码。

再者

那么qform和sform是啥，这里出于经验上判断，去使用ITK-SNAP直接查看数据的metadata

可以发现qform的信息有点异常，NIFTI_XFORM_UNKNOWN正好出现在源码的判断中。
依旧是直接想法，把这个信息改了。

最后

因为SimpleITK无法读取，这里借助nibabel 库，去官方文档查阅一下是否有修改的函数。
这是官方文档：https://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.nifti1.html

好耶，有修改的函数，可以直接设置参数code将qform_code或sform_code替换成了非0值，也就是非NIFTI_XFORM_UNKNOWN。不过红色方框的自适应设置貌似更好，但需要接收一个affine参数。
那很好办，那原本affine是什么，就设置成什么就行了，毕竟目的只是修改qform_code或sform_code。

import nibabel as nib
img = nib.load("xxxxx.nii.gz")
qform = img.get_qform()
img.set_qform(qform)
sfrom = img.get_sform()
img.set_sform(sfrom)
nib.save(img, "xxxxx.nii.gz")

再新保存文件的metadata，果然修改成了希望的效果，随后使用SimpleITK或ANTsPy就可以顺利读取了。
后续N4矫正，配准都没有报错，效果也ok，因此我认为算是解决。