核磁共振成像
zdlu
这个作者很懒,什么都没留下…
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如何在 surface file画ROI(tksurfer)
GIfTIit is the surface-file format complement to the NIfTI volume-file format.In Freesurfer, the GUI utilities freeview and tksurfer can open and display .gii files directly.mris_convertThe tool ‘mris_convert’ can be used to convert between native Free原创 2020-11-06 15:10:05 · 1050 阅读 · 0 评论 -
Dpabi数据分析的结构
如果是DICOM原始文件如果是NIFTI文件如果一个被试的一个session存在多个run原创 2020-08-02 21:12:50 · 2780 阅读 · 2 评论 -
fMRI Tutorial:FSL处理功能核磁共振数据
第一步:下载数据任务:the Flanker task数据来源:Openneuro第二步:描述the Flanker task认知心理学的经典实验,作用为评估忽略干扰刺激的认知能力。被试的任务:用按键指出图片中最中间的箭头的方向。图片分为两类:一类是中间箭头方向与左右不一致(Incongruent);一类是中间箭头方向与左右两边一致(Congruent)。如果想自己体验这个认知实验...原创 2020-04-08 10:14:17 · 2658 阅读 · 4 评论 -
功能核磁共振成像资料分享汇总
一本书Functional Magnetic Resonance ImagingAuthor(s): Scott A. Huettel; Allen W. Song; Gregory McCarthyPublisher: Sinauer, Year: 2014ISBN: 0878936270,9780878936274并且该书有一个配套的网址:Functional Magnetic R...原创 2019-12-27 19:45:52 · 1319 阅读 · 0 评论 -
AFNI program: 3dDeconvolve
Output consists of an AFNI ‘bucket’ type dataset containing[-stim_times k tname Rmodel]Generate the k-th response model from a set of stimulus times given in file ‘tname’从tname文件中产生第k个响应模型`'BLO...原创 2019-11-08 15:26:27 · 535 阅读 · 0 评论 -
afni GLM模型分析激活的脑区 (FMRI Data Analysis at Individual Level)
对于fmri实验的简单描述:实验设计:Rapid event-related一共有4种类型的实验刺激实验数据的参数:数据分析的第一部分为个体水平的分析:首先对数据进行预处理然后3dDeconvolve实验数据下载为 AFNI_data2.tgz,网址为Afni_data2...原创 2019-10-27 21:53:40 · 1906 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(3)
Processing block: regress预处理模块:回归这是单被试分析中的主要步骤-对我们的模型进行回归分析。我们的回归模型由几个简单的部分组成:1.多项式基线,用于说明扫描的平均值以及缓慢的基线漂移2.对兴趣刺激的反应3.运动参数,意在解决残余运动影响 ,3dvolreg无法完美纠正The proc.FT script: 3dDeconvolve -inpu...原创 2019-09-28 10:15:31 · 1524 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(2)
符号#代表对shell程序的注释,# set list of runsset runs = (`count -digits 2 1 3`)这是第一个tcat模块,这是将输入数据复制到结果目录的最后一步。该3dTcat程序用于将EPI数据复制到结果目录,而从每次运行中删除第一个TR(根据afni_proc.py选项,-tcat_remove_first_trs)。 即使没有删除TR,也可以...原创 2019-09-26 16:51:44 · 1735 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(1)
AFNI有丰富的学习资源,但是可能入门需要编程基础。理解每个语句的含义以及掌握一些基本的Linux系统语句就可以完成。首先,介绍一个学习网址,https://www.youtube.com/playlist?list=PLIQIswOrUH6-v5EWwFdMsTZttt4407KW9首先,需要下载基本的学习资料以及一些范例教程。介绍第一个fmri实验,Speech Perception...原创 2019-09-25 12:02:52 · 3861 阅读 · 2 评论 -
一般线性模型之功能磁共振成像(the general linear model applied to fmri)
功能磁共振影像数据统计分析的目标主要包括:localizing brain areas activated by the taskdetermining networks corresponding to brain functionmaking predictions about psychological or disease statesThe general linear mo...原创 2019-09-12 15:22:42 · 2497 阅读 · 0 评论 -
使用fsl处理dti数据(ubuntu16.04)
得到“FA”的文件,和三个正交矢量(V1,V2,V3)。步骤如下:从Unix命令行,将目录更改为包含DTI数据的文件夹(例如’cd~ / tutorial’)从命令行键入“FSL&”启动FSL。按下FSL主菜单中的“FDT Diffusion”按钮,显示扩散处理窗口。在顶部,选择EDDY CURRENT CORRECTION。按文件夹图标选择图像(例如DTI30s010.nii.gz)...原创 2019-07-05 19:38:19 · 2978 阅读 · 1 评论 -
如何理解fMRI BOLD信号的神经起源?
Functional magnetic resonance imaging (fMRI) is becoming a popular non-invasive tool for imaging functionally active brain regions in health and in disease.功能磁共振成像最常见的方法是血氧水平相关(BOLD)成像,自发现以来一直主导着这一领域。...原创 2019-06-28 16:41:30 · 11195 阅读 · 0 评论 -
mri之卷褶伪影
卷褶伪影(Phase wrap-around )是一种常见的MR伪影,只要对象的尺寸超过定义的视场(FOV)就会发生。 混叠是当数字采样率太低时,信号频率的错误分配。卷褶伪影通常容易被识别为将解剖部分折叠到感兴趣的区域中。 尽管这种现象可能在频率编码方向上发生,但是沿着相位编码轴通常更严重。这种现象的物理基础如下所示。注意,对于相位编码梯度的每个值,分配特定数量的相位周期( phase cy...原创 2019-02-19 15:49:22 · 6806 阅读 · 1 评论 -
small fov dwi 小视野弥散加权成像
经常需要对具有小横截面的器官如前列腺和脊髓进行扩散成像。 在这些情况下,周围组织可能不感兴趣并且仅用于贡献噪声和混叠伪像。 因此,已经开发了如此小的视场(FOV)方法以排除这些不想要的区域。 这些不仅可以用于DWI,还可以用于常规成像。最近开发了a variant of inner volume excitation ,现在由主要供应商FOCUS(GE),ZOOMit(西门子)和iZOOM(飞利...原创 2019-02-23 13:19:34 · 1526 阅读 · 0 评论