DNA序列和整数之间的转换是将DNA序列中的碱基映射到数字,然后将数字序列转换为整数,或者反过来,对于短的DNA序列处理和分析中会经常用到,但长的DNA序列不合适!DNA序列中的每个碱基映射到一个数字,通常使用字典进行映射。通常,A映射到0,C映射到1,G映射到2,T映射到3。
# 映射函数
D2n_dic = {'A': 0, 'C': 1, 'G': 2, 'T': 3}
n2D_dic = {0:'A', 3:'T', 1:'C', 2:'G'}
# DNA序列到整数的转换函数
def DNA_to_integer(seq):
seq = seq.upper()
integer = 0
for base in seq:
integer = integer * 4 + D2n_dic[base]
return integer
# 整数到DNA序列的转换函数
def integer_to_DNA(num, length):
seq = ''
while num > 0:
seq = n2D_dic[num % 4] + seq
num //= 4
seq = 'A' * (length - len(seq)) + seq # 补全长度
return seq
# 测试示例
dna_sequence = 'ACGTTTGGCCT'*10
integer_value = DNA_to_integer(dna_sequence)
print("DNA序列转换为整数:", integer_value)
length = len(dna_sequence)
converted_dna = integer_to_DNA(integer_value, length)
print("整数转换为DNA序列:", converted_dna)