Freesurfer_T1_组分析-02（可视化）

最新推荐文章于 2024-04-08 09:10:44 发布
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分类专栏： Freesurfer 文章标签： 图像处理
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这一篇我们对上一篇Freesurfer_T1_组分析-01（完美版）中的一些操作和结果进行分析和可视化，制作一些高大上的图片吓唬队友。例如下面这张：

 

上一篇文章我们得到了这些结果：

 选择你需要进行对比那个文件夹，这里我们进入文件夹lh.volume.CannabisStudy.10.glmdir中可以看到：

 我们再进入NC- MCI文件夹：

这里面sig.mgh是一个对比文件，可以当作一个覆盖层，打开Freeview先加载一个Freesurfer的标准空间的 fsaverage/surf/lh.inflated 膨胀表面，再覆盖上这个sig.mgh文件

加载膨胀表面 fsaverage/surf/lh.inflated ：

 

在Overlay选项里面选择加载Load generic，加载覆盖层sig.mgh

 

 

 

 

KaSuo幻影
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Freesurfer_T1_组分析-01（完美版）
KaSuo幻影的博客
12-22 3185
Freesurfer做T1模态的组分析，也就是不同类型的数据之间的对比... ...
freesurfer:神经影像分析和可视化套件
04-08
用于处理人脑MRI的开源软件套件 介绍 FreeSurfer是一个软件包，用于分析和可视化来自横截面和纵向研究的神经影像数据。 它是由开发的。 FreeSurfer提供了用于结构和功能MRI的完整处理流，并包括用于线性和非线性配准，皮质和皮质下分割，皮质表面重建，组形态统计分析，扩散MRI，PET分析等工具。 它也是首选的结构MRI分析软件。 有关使用和理解FreeSurfer工具的大量文档，请访问 。 开发者 请查看并访问我们的，以获取有关配置和构建源代码的分步说明。 支持 如果您遇到问题或对使用FreeSurfer有疑问，请按照以下步骤获得帮助： 搜索档案：在您之前，其他人很可能遇到了相同的问题。 获得答案的最快方法是我们邮件列表。 提出问题：邮件列表并开始讨论！ 如果您发现软件中存在错误，请在阅读我们的文档后随意打开问题或提交补丁。 执照 使用，复制，分发和贡献的条款和条件
Freesurfer安装使用+可视化
Dream19961996的博客
04-13 2013
FreeSurfer的安装 FreeSurfer只能在linux系统中进行安装 安装在自己的虚拟环境里面即可： （1）将压缩包放在/home/*/application/里面（自己建的） （2）运行命令 解压压缩包 当前路径：sudo tar -zxvf freesurfer安装包文件名 （3）改变freesurfer的文件权限：sudo chmod -R 777 ./freesurfer （4）配置全局环境变量：sudo gedit /etc/profile export FREESURFER_HO.
Freesurfer学习笔记——Surface Group Analysis with Qdec 6/13
KaSuo幻影的博客
05-08 4253
设置工作空间： ## bash <source_freesurfer> export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data> export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial cd $SUBJECTS_DIR ## tcsh source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
FreeSurfer 第三弹（预处理结果以及freeview可视化初步）
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weixin_45048564的博客
04-08 426
recon-all.log日志文件：可以打开看文档最下面的运行结果，检查看程序运行上是否报错。lh.pial：lh表示左脑，表示该病人根据其软脑膜勾勒出来的脑皮层模型。lh.area.fsaverage.mgh：灰质平均层所代表的面积。后缀为.catb:颜色表格，用来给.annot上色的。-gtmse.mgz.log:皮质下结构分割的。所有的模型信息都必须放在.fsgd后缀的文件中。lh.white：根据灰白质的交接绘制出来的。lh.area.pial：软脑膜层。lh.area.fwhm0：平滑。
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KaSuo幻影的博客
04-06 1263
pial surface 的形成：white surface 扩张后会紧贴brainmask.mgz中灰质和脑脊液的强度梯度 Editing the Volume freeview -v pial_edits_before/mri/T1.mgz \ pial_edits_before/mri/brainmask.mgz \ -f pial_edits_before/surf/lh.white...
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2. **数据可视化**：结合matplotlib或mayavi等可视化库，freesurfer_surface库支持将处理后的表面数据以三维模型的形式展示，这对于理解和解释研究结果非常有帮助。 3. **统计分析**：库内包含了一些统计函数，可以...
PyPI 官网下载 | freesurfer_surface-1.2.0-py3-none-any.whl
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资源来自pypi官网。 资源全名：freesurfer_surface-1.2.0-py3-none-any.whl
freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar 之二
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freesurfer自己需要时只能慢吞吞用10+kb的速度下载，文件5个G，要下载3天半，非常费时，故上传资源，需要可自行下载。因为每次上传不能超过1G，所以分了几个帖子。第二节。
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如何把matlab代码封装 PySurfing 使用来自Python的Freesurfer进行可视化 Freesurfer是一个功能强大的工具，并提供大量功能来处理和分析MRI图像。 Freesurfer还使用从用户定义的（手动）标签或其标签之一派生的小片段来生成灰色（和白色）物质分割。 Freesurfer还附带了一个名为tksurfer的方便工具，该工具可以根据地图集标签上色，例如，对表面进行着色。 PySurfing是一种开源工具，扩展了tksurfer，提供了一个接口，可轻松为Freesurfer地图集的区域着色，该区域已对其进行了（全部）分割。 PySurfing受到Anderson Winkler博士的工作的鼓舞，他对创建一种可访问的方法进行网络神经变性模拟的解剖可视化感兴趣。 PySurfing由，和进行概念化和编写。 PySurfing的愿景是提供一种工具，以方便地可视化在解剖学表面上进行数学建模得到的结果。 软件需求 主要软件包 PySurfing需要安装以下软件 Freesurfer版本7或更高版本（） Matlab版本2020b Python 3.8或更高版本 P
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freesurfer结果分析
01-20
Freesurfer是一种用于分析脑影像数据的软件，通常与结构磁共振成像（MRI）数据一起使用。它提供了一套完整的工具和算法，用于测量和分析大脑的结构和功能。对于脑结构分析，Freesurfer可以进行大脑皮层表面的重建和分区、脑体积的测量以及大脑结构的三维可视化。 在进行Freesurfer结果分析时，首先通过对MRI数据进行预处理，如去除头盖骨和其他噪音，然后进行皮层重建。Freesurfer通过将大脑皮层表面分成数万个小区域（节点），来实现对皮层的三维可视化和分析。每个节点都包含有关该区域的结构和功能信息，如皮层厚度、灰质容积和皮层曲率等。 通过分析这些节点，可以得出一系列结构和功能方面的结果。例如，可以计算整个大脑的总体积、左右半球各自的脑体积以及各个特定脑区的体积；还可以测量脑皮层的厚度和曲率，并比较不同脑区之间的差异。这些结果可以帮助研究人员了解大脑的结构和功能，以及它们与各种神经疾病和认知功能的关系。 除了结构分析外，Freesurfer还可以进行功能性分析，如执行任务相关的功能MRI（fMRI）数据的预处理和统计分析。功能性分析可以帮助研究人员识别特定任务或刺激下大脑的活动模式。 总之，使用Freesurfer对脑影像数据进行分析可以提供丰富的结构和功能方面的信息，帮助我们更好地了解大脑。这些结果可以应用于神经科学研究、临床医学和神经疾病的诊断和治疗等领域。

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