ubuntu 18.04安装FSL-6.0.3以及fsleyes修复

在Ubuntu 18.04环境下,本文详细介绍了如何下载并安装FSL-6.0.3,以及在安装后解决fsleyes无法运行的问题。通过配置环境变量和执行特定命令来修复fsleyes not found错误,使FSL工具集能正常工作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

安装环境:ubuntu18.04

安装包版本:fsl-6.0.3

一、安装包

安装包下载地址:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-6.0.3-centos7_64.tar.gz

下载之后拷贝到ubuntu中,并解压出来

下载软件:可以拷贝上述链接到迅雷中下载,文件大小为3.5G左右

二、配置环境变量

在/home/username/.bashrc下配置环境变量

FSLDIR=/home/username/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

注意将中间的FSLDIR替换为自己的安装路径

之后重新打开一个terminal,输入fsl,就能打开fsl GUI,但是会发现点击fsleyes失效。

三、修复fsleyes  not found的问题

在terminal中输入

curl -o miniconda_installer.sh -L --fail https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
echo $?
md5 miniconda_installer.sh

之后

cd $FSLDIR/etc/fslconf
sudo gedit fslpython_install.sh

修改第149行


                
FSLeyes是一个基于FSL(FMRIB Software Library)的独立神经影像视觉化工具。FSL是一个广泛使用的神经影像分析软件包。FSLeyes提供了一个用户友好的界面来查看和分析磁共振成像(MRI)和其它类型的神经影像数据。以下是在不同操作系统上安装FSLeyes的基本步骤: ### 在Ubuntu Linux上安装 1. 首先确保你的系统中安装了Python。大多数现代Linux发行版都自带了Python。 2. 安装必要的依赖项,如`python-tk`、`python-nibabel`、`python-pyopengl`等。 3. 使用Python的包管理工具`pip`来安装FSLeyes。 ``` pip install fsleyes ``` ### 在macOS上安装 1. FSLeyes可以通过Homebrew(macOS的包管理器)安装。首先,确保你已经安装了Homebrew。 2. 使用Homebrew来安装FSLeyes。 ``` brew install fsleyes ``` ### 在Windows上安装 1. 访问FSLeyes的GitHub页面或者Python包索引页面下载FSLeyes的Windows安装程序。 2. 运行下载的安装程序,并按照指示完成安装过程。 ### 命令行安装(适用于所有操作系统) 如果你熟悉使用命令行,可以直接使用pip进行安装: ``` pip install fsleyes ``` ### 注意事项 - 在某些情况下,你可能需要安装FSL软件库本身才能使用FSLeyesFSLeyesFSL的依赖,因此与FSL兼容。 - 在使用FSLeyes之前,确保你的系统满足其运行环境的最低要求。 请根据你的操作系统选择合适的安装方式。如果你遇到任何问题,可以查看FSLeyes的官方文档或在FSL的用户社区寻求帮助。
评论 8
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值