Rosetta
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Jsylar
这个作者很懒,什么都没留下…
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【Rosetta】RoseTTAFold安装
1、下载git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFoldcd RoseTTAFold2、配置环境cuda11conda env create -f RoseTTAFold-linux.ymlcuda10conda env create -f RoseTTAFold-linux-cu101.yml3、下载权重文件并解压wget https://files.ipd.uw.edu/pub/RoseTTAFold/weights原创 2021-07-16 17:51:43 · 8816 阅读 · 80 评论 -
【Rosetta】定义非标准氨基酸到本地库
在使用Rosetta做docking或其他应用时会碰到需要使用非标准氨基酸,有两种解决方法:一、将对应的氨基酸删除,添加一个修改后的氨基酸作为一个ligand添加到体系中,再将该ligand与主链连接到一起。二、定义一个新的氨基酸。这里记录第二种方法,以半胱氨酸为例,目的为去掉半胱氨酸连接在S上的氢,方便后续使用首先,进入Rosetta的氨基酸参数库,位于path/rosetta/main/database/chemical/residue_type_sets该文件夹下包含多个氨基酸库,一般只使用原创 2021-04-25 14:48:16 · 1519 阅读 · 0 评论 -
【Rosetta】多底物对接
Rosetta3.12版本docking原创 2021-02-23 11:17:43 · 2306 阅读 · 2 评论