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Jsylar
这个作者很懒,什么都没留下…
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Tcl-chemshell安装
一、依赖安装tcl安装此处以tcl8.5.11为例wget ftp://ftp.dl.ac.uk/qcg/ChemShell/tcl8.5.11-src.tar.gztar xvf tcl8.5.11-src.tarcd tcl8.5.11/unix./configure --prefix=/path/tcl8.5.11makemake install此外还以赖于gcc与openmpi或intelmpi二、Tcl-chemshell安装tar -xvzf chemsh-3.7.0.t原创 2022-02-09 17:05:06 · 1256 阅读 · 1 评论 -
服务器连接校园网/教育网
ssh -L 18097:登录页面ip地址:80 username@服务器ip地址如ssh -L 18097:1.2.3.4:80 sylar@172.255.255.1之后在本地浏览器打开http://localhost:18097/输入帐号密码登录即可原创 2022-01-08 18:30:03 · 2795 阅读 · 0 评论 -
【G16】【ORCA】【GFN-xTB】
%chk=ANB.chk%nproc=32maxdisk=30gb#opt wb97xd/def2TZVPNAME0 1 C 2.62826164 -45.76915995 -0.74128212... H 3.61442652 -44.76649334 1.49098059#OPT%pal nprocs 10 end!r2SCAN-3c def2-QZVPP Slowconv tightscf D原创 2021-10-11 11:07:22 · 627 阅读 · 0 评论 -
非Root用户安装gcc8.4.0
1.下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc/gcc-8.4.0/2.解压tar zxvf gcc-8.4.0.tar.gzcd gcc-8.4.03.下载依赖./contrib/download_prerequisites4.创建编译文件夹mkdir bulidgcccd buildgcc5.编译安装../configure -enable-checking=release -enable-languages=c,c++ -原创 2021-07-28 17:52:46 · 532 阅读 · 0 评论 -
FATAL: Atom .R<CYM 383>.A<H 11> does not have a type.
在加载PM3力场碰到的,修改位于amber20/dat/leap/lib下的对应lib即可,其中对于H的原子类型,在PM3中是HN,19SB为H原创 2021-05-21 13:26:29 · 1063 阅读 · 1 评论 -
【gabedit】安装
下载地址https://sites.google.com/site/allouchear/Home/gabedit/download缺库手动下载安装https://pkgs.org/原创 2021-05-17 17:08:54 · 366 阅读 · 0 评论 -
【Multiwfn】计算RESP电荷
一、TPP及周围分子结构文件补齐缺失键,保存为.mol2或.pdb格式二、使用gaussview打开,保存为.gif格式三、修改TM.gif文件%chk=TM.chk%nprocshared=36 #36线程%mem=50000MB #内存分配maxdisk=30GB #硬盘分配# opt=cartesian b3lyp/6-31g(d) #结构优化,使用笛卡尔坐标系TM-2 2 #-2指体系所带电荷 N 1原创 2021-04-07 14:32:23 · 2992 阅读 · 0 评论 -
ubantu20.4安装synergy1.3.8与win10安装synergy1.3.1共享键鼠
windows版下载http://here.vixual.net/files/windows/synergy/linux版下载http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/s/synergy/均下载1.3版本分别安装后,在ubantu用户文件夹下创建.synergy.conf,写入以下内容section: screens REN7000K-28IMB: LEGION:endsection: links REN7000K-28IMB:原创 2021-03-25 13:27:02 · 292 阅读 · 1 评论 -
提取pdb氨基酸序列
conda install -c schrodinger pymolpymol X.pdb -c -d "save X.fasta"原创 2021-03-05 11:32:44 · 3499 阅读 · 0 评论 -
ImageMagick
vmd在生成git时会出错,需要自行将多张bmp图片合并为gifconvert -delay 0 *.bmp -loop 0 animated.gif-delay 延迟/10ms-loop 循环次数原创 2021-03-04 14:27:16 · 103 阅读 · 1 评论