【Amber】使用高斯16优化小分子结构并计算RESP电荷

Amber中对小分子处理不包括结构优化与RESP电荷的计算，仅计算bcc电荷，完全够用但相对准确性较低，记录一下使用G16优化小分子结构并计算RESP的流程

一、小分子准备

小分子可以是新绘制的或已有的，格式为X.pdb或X.mol2

二、转换为高斯输入格式

使用Gaussview打开小分子结构文件，保存为X.gjf格式

文件内容类似以下，写法细节不再说明，请参考高斯手册

%chk=X.chk
%nproc=32
#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt=cartesian

X

0 1
 C                 45.90540000   37.68540000   49.42830000
 C                 42.32830000   38.46880000   48.53580000
 C                 45.05980000   38.75020000   48.59810000
 C                 42.08030000   37.67750000   49.86610000
 C                 43.75560000   38.21820000   47.88240000
 ... ...
 ... ...
 47
 48
 49
 50 51 1.0
 51 52 2.0 53 1.0
 52
 53 54 1.0 55 1.0 56 1.0
 54
 55
 56
 57
 58
 

三、运行高斯

g16<X.gjf>X.out

得到输出结果X.out

四、将优化结果转化为.mol2文件

antechamber -i X.out -fi gout -o X.mol2 -fo mol2 -c resp -at amber

mol2文件类似以下，其中MOL指分子名称，需要修改

@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
   53    55     1     0     0
SMALL
resp


@<TRIPOS>ATOM
      1 C1          -1.1530     0.3430    -1.1650 CT         1 MOL       0.279705
      2 C2           1.6230    -1.5060     0.5070 CT         1 MOL       0.493681
      3 C3          -0.8480    -0.4790     0.1380 CT         1 MOL      -0.032236
      4 C4           2.5140    -0.6380    -0.4010 CT         1 MOL       0.001463
      5 C5           0.1460    -1.6720     0.0390 CT         1 MOL      -0.627417
      6 C6           0.0590     0.6760    -2.0860 CT         1 MOL      -0.426206
      7 C7           1.9160     0.7800    -0.3320 CM         1 MOL      -0.399403
      8 C8           1.7470    -1.0250     1.9690 CT         1 MOL      -0.280512
      9 C9          -1.8140     1.6840    -0.7330 CT         1 MOL       0.792043
... ...
... ...
    50    19    46 1   
    51    19    47 1   
    52    19    48 1   
    53    20    49 1   
    54    20    50 1   
    55    20    51 1   
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
     1 MOL         1 TEMP              0 ****  ****    0 ROOT

五、生成小分子参数

修改分子名称后

parmchk2 -i X.mol2 -f mol2 -o X.frcmod