【Amber】MMPBAS/GBSA

MMPBSA/GBSA

在进行MD模拟的过程中，复合体水盒的prmtop文件已经生成，可以使用ante-MMPBSA.py脚本将复合体、蛋白受体、小分子配体的参数文件从水盒prmtop文件中分别提取出来。
【1】prmtop文件拆分

Boxprmtop去除水分子、金属离子得到复合体com.prmtop文件，随后指定底物分别得到蛋白受体与小分子的parmtop文件

ante-MMPBSA.py -p Box.prmtop -s ":WAT,:Na+,:Cl-" -c com.prmtop -n ":LIG" -l lig.prmtop -r pro.prmtop

【2】MMPBSA.py输入文件mmpbsa.in

&general
startframe=1000, endframe=8000, interval=20,
/
&gb
igb=2, saltcon=0.100
/
&pb
istrng = 0.100,
/

执行命令

mpirun -np 20 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp X_box.prmtop -cp com.prmtop -rp pro.prmtop -lp lig.prmtop -y X_box_md.nc